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生物物理研究所合作研究揭示DNA复制起始复合体亚基结构（图）
生物物理研究所 DNA复制起始 复合体亚基结构
2011/4/29
2011年4月18日，美国《国家科学院院刊》（PNAS）在线发表了中科院生物物理研究所刘迎芳研究员实验室与美国阿拉巴马大学Igor Chesnokov博士的合作研究成果：Structural analysis of human Orc6 protein reveals a homology with transcription factor TFIIB。
这一文章中报导了他们对DNA复制起始复合...
Transverse conductance of DNA nucleotides in a graphene nanogap from first principles
DNA nucleotides graphene nanogap principles
2011/1/5
The fabrication of solid-state nanopores is becoming increasingly sophisticated. Recently, nanopores were successfully created in graphene and translocation of DNA has been demonstrated. Taken togethe...
DNA waves and water
DNA waves water
2011/1/5
Some bacterial and viral DNA sequences have been found to induce low frequency electromagnetic waves in high aqueous dilutions. This phenomenon appears to be triggered by the ambient electromagnetic b...
Fluctuation Pressure Assisted Ejection of DNA From Bacteriophage
Fluctuation Pressure DNA From Bacteriophage
2011/1/6
The role of thermal pressure fluctuation excited within tightly packaged DNA prior to ejection from protein capsid shells is discussed in a model calculation. At equilibrium before ejection we assume ...
Using Monte-Carlo simulations, we deconvolved the sliding and hopping kinetics of GFP-LacI proteins on elongated DNA from their experimentally observed seconds-long diffusion trajectories. Our simulat...
DNA拓扑异构酶Ⅱ的多态转换模型
DNA拓扑异构酶Ⅱ 主方程 稳态 无机磷
2011/7/29
DNA拓扑异构酶Ⅱ是一种分子马达，它利用ATP水解产生的化学能，切断一条双链DNA片段(G segment)，并让另一条双链DNA片段(T segment)从缺口处通过。对DNA拓扑异构酶Ⅱ的工作循环研究将有助于阐明其工作机理。本文根据已有实验资料，利用主方程方法构建了DNA拓扑异构酶Ⅱ状态转变的随机跃迁模型，求得系统各态的稳态解。进而推导出稳态下无机磷(Pi)浓度随时间的变化，得到DNA拓扑异构...
p53-Mdm2相互作用在DNA损伤的细胞响应方面起着非常重要的作用。最新实验结果表明，在受到各种辐射损伤而引起DNA损伤后，细胞中的p53蛋白浓度在单体细胞和群体细胞情况下，表现为非衰减振荡和衰减振荡两种不同的动力学行为。通过研究p53 -Mdm2负反馈回路的非线性动力学，分析了各种（特别是DNA损伤，p53和Mdm2浓度三者之间的）动力学关系，提出了一个能同时描述这两种不同动力学行为的非线性模...
γ射线诱导DNA损伤中DNA浓度和剂量率的影响
γ射线 DNA损伤 DNA浓度
2009/10/29
在进行辐射致DNA损伤中, DNA浓度和剂量率是两个重要的因素。 利用γ射线在不同的剂量率下对不同浓度的质粒DNA pUC19水溶液进行了辐照， 利用凝胶电泳对辐照后的样品进行分析。 结果表明， 在同一剂量下被辐照的DNA样品， 随浓度的降低DNA损伤越来越严重； 通过分析软件和理论公式得到的每个DNA上的双链断裂数随着DNA浓度的变化呈现为非线性趋势。
分裂中期的CHO细胞能对其染色体DNA进行切除修补吗？
切除修补 染色体DNA CHO细胞
2009/6/24
以中国仓鼠细胞CHO-K1为材料，用放射自显术检查紫外线照射后细胞内DNA的切除修补，没有得到足以证明分裂中期细胞对其染色DNA进行切除修补的可靠证据。此结果与1977年Ikushima所报告的不同。对于这种修补能力的缺乏，作者认为应考虑到的原因至少有：（1）分裂中期染色体上的DNA处在高度紧密的状态，难于进行切除修补；（2）分裂中期细胞中担任DNA修补合成的多聚酶β的活性可能下降；（3）分裂中期...
过热处理对人类食管癌细胞及中国仓鼠细胞DNA修补能力的抑制作用
仓鼠细胞DNA 修补能力 食管癌细胞
2009/6/23
人类食管癌细胞Eca-109在受8，000 rad γ射线照射前，或照射后，用44 ℃处理30分钟，会全部抑制掉随后在37 ℃保温1.5小时内的DNA断链重接修补。照前42℃处理也能起部分的抑制作用；照后42 ℃处理的抑制程度与照前处理的相同，但似乎在42 ℃处理的时间内已完成了不受抑部份的修补。中国仓鼠细胞CHO-K1在紫外线照前受44℃处理30分钟，同样会全部地抑制掉照后37℃保温3小时内的D...
DNA计算机是计算机科学和分子生物学互相结合、互相渗透而产生的新兴交叉研究领域.目前已取得较大进展.DNA计算机是以编码的DNA序列为运算对象，通过分子生物学的运算操作以解决复杂的数学难题.DNA计算机的重要特点是信息容量的巨量性和密集性，和处理操作的高度并行性，通过强力搜索策略迅速得出正确的答案，从而使其运算速度大大超过常规计算机的计算速度.介绍了DNA计算机的近期进展和工作原理及其分子生物...
基于蛋白质-DNA复合物晶体结构的DNA结构动力学特性研究
蛋白质—DNA复合物(Protein-DNA complex) 晶体结构(Crystal structure) 力常数(Force constant) DNA 动力学结构(Dynamic Structure)
2008/3/7
依据最新NDB数据库中蛋白质-DNA复合物晶体结构数据， 考虑DNA结构的序列依赖特性，对10个二联体和36个约化的四联体计算了DNA动力学结构模型中的关键参数——力常数矩阵，矩阵中的非对角项反映了结构参数间的关联。利用改进的DNA结构动力学模型，可以方便地计算给定序列的结构动力学特性。Study on DNA Dynamic Structural Feature Based on DNA...
DNA序列高维空间-数字编码的运算法则
DNA序列数字编码(Digital coding of DNA sequence) 奇偶性(Parity) 表观维数(Visual dimension) 单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism) SNP 表达序列标签(Expressed sequence tags) EST 重复序列(Tandem repeat) DNA序列运算法则(Operation rules for DNA sequences)
2008/3/5
DNA序列的高维空间二进制数字编码,除可以对DNA序列的碱基结构、功能基团、碱基互补、氢键强弱等性质进行编码之外,还可以方便地进行数学运算和逻辑运算。DNA序列高维空间数字编码的运算法则是:(1)根据DNA序列数码的奇偶性质,可以推导出其与末位碱基的对应关系。当DNA序列S的数值X(S)=4n,4n+1,4n+2,4n+3时,其末位碱基依次为C,T,A,G,(n=0,1,2,...)。(2)提出D...
dsDNA芯片的DNA结合蛋白质计算机模拟系统
dsDNA芯片(dsDNA microarray) DNA结合蛋白质(DNA binding protein) 探针设计(Probe design) 计算机模拟(Computer simulation) 生物信息学(Bioinformatics)
2008/3/5
dsDNA芯片（double-stranded DNA microarray）是用于DNA结合蛋白质表达研究的新技术，应用一种新的dsDNA芯片制作方法，研究了dsDNA探针设计，开发了相应的计算机模拟系统———DBP软件。可实现芯片上dsDNA探针的选取以及DNA结合蛋白质检测的实验过程模拟，功能包括模拟酶切、模拟电泳、模拟杂交等实验环节。DBP系统包括了可以不断完善的DNA结合蛋白质数据库。对...
考虑碱基对之间的非紧邻相互作用、涨落的序列依赖效应和非对称涨落,提出了DNA构象的统计力学模型,给出了DNA柔性的新定义。作为模型的应用,对12种三核苷酸重复序列的动力学柔性作了预测。理论预测与其它方法得到的结论比较,有很好的一致性。对模型和结论的理论意义作了讨论。A STATISTICAL-MECHANICAL MODEL OF DNA FLEXIBILITYA statistical-mech...