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基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法
原核基因组(Prokaryotic genome) 转录起始位点(Transcription start site (TSS)) 计算定位(Computational location) 滑动窗口(Sliding window) 交迭组分特征(Overlap content features)
2008/3/6
转录起始位点的计算定位是基因转录调控研究的重要内容，但现有方法的识别性能较低。文章作者在已有原核启动子识别算法的基础上，提出了一种基于滑动窗口的原核转录起始位点计算定位方法，通过在合理限定的定位范围内对序列进行滑动扫描，来预测转录起始位点的位置。首先根据窗口序列的交迭组分特征和启动子其它特征分别建立二次判别分类器，用其计算对应位置的似然得分，再利用转录起始位点与翻译起始位点的间隔经验分布信息对...
酵母基因内含子中转录正调控位点的统计分析
酵母(Yeast) 内含子(Intron) 转录调控(Transcriptional regulation) 寡核苷酸分析(Oligonucleotide analysis) 转录因子结合位点(Binding site for transcription factor)
2008/3/6
以一组随机选取的对照序列中寡核苷酸的出现频率为基础，分析转录频率较高的酵母基因内含子序列的寡核苷酸使用情况，抽提出一批过表达的寡核苷酸。然后对抽取出的寡核苷酸和它们在每个高效转录基因内含子序列中重叠、连接后形成的长寡核苷酸序列片段进行分析，并对照实验结果和用比较分析方法获得的结果，推测这些寡核苷酸可能是高效转录基因内含子序列中潜在的转录因子结合位点。STATISTICAL ANALYSIS O...
酵母基因上游区与内含子可能的短程和长程转录协同增效作用
酵母基因 内含子 转录协同
2008/3/6
根据实验观察到的DNA成环和弯折机制，以140 bp为分界点，探讨高频转录基因上游区与内含子之间可能存在的短程和长程转录协同增效作用（synergy）。用与随机序列做对比的方法，抽提出最近距离在140 bp以下的寡核苷酸对，以及最近距离在140 bp以上的寡核苷酸对。仔细分析两种距离下的可能的协同寡核苷酸对的位置特征和碱基组分，发现短程协同作用的寡核苷酸对的平均最近距离都在110 bp以下，位...
2006年的诺贝尔化学奖授予了美国斯坦福大学的科恩伯格（Roger D. Kornberg）教授，以表彰他在真核基因转录的分子机制研究方面做出的卓越贡献。
真核细胞内转录的调节
细胞学 遗传学 组织学 胚胎学
2008/2/7
摘要长期以来，在细胞学、遗传学、组织学和胚胎学上经常有这样一个问题：就是双亲的遗传物质经受精作用集合于受精卵，除个别例外，受精卵经卵裂又将全部遗传物质传递给子细胞，每个子细胞都含有双亲的遗传物质，即使在已分化的细胞中也不例外，但为什么在细胞分化的过程中，遗传物质所携带的基因并不全部表现出来，而是有选择地表现或不表现这些或那些基因。这就说明基因的表现与否，必然受生物体的内环境与外环境对它的影响，一定...
对rDNA转录活性的图象分析
放线菌素D(AMD) 银染NOR 银染核仁 图象分析系统
2008/2/3
摘要用低浓度的放线菌素D(AMD)处理人的外周血淋巴细胞，可以导致细胞周期各阶段核仁形成区 (NOR)的银可染性显著减少，表明了放线菌素D对rDNA的转录活性具有明显的抑制作用。本实 验采用IBAS图象分析系统，对经不同浓度的放线菌素D处理过的外周血淋巴细胞进行形态学 测量和计算机统计分析，其结果阐述了细胞中NOR的银可染性(即rDNA的转录活性指标)与AMD 浓度梯度的相关性，并以此建立了相应的...
KAP-1: 转录调控中的一个桥梁分子
KAP-1 转录中介因子 基因表达调控 表观遗传学
2008/1/24
摘要KAP-1(又称TIF1b, TRIM28等)是一种转录中介因子, 在诸多转录调控复合体中起桥梁作用。它通过其N端RBCC结构域与含KRAB结构域的锌指蛋白、MDM2、MM1、C/EBPb等相互作用; 通过C端的PHD及BrD结构域与SETDB1、Mi-2a等分子相互作用, 参与形成具有组蛋白甲基化酶或组蛋白去乙酰化酶活性的复合体; 通过中间的HP1BD区域与HP1蛋白相互作用, 进而与组蛋白...
帘蛤科贝类rDNA内转录间隔区序列的研究
帘蛤科 核糖体DNA 内转录间隔区 5.8S rRNA基因 系统发育分析 物种鉴定
2008/1/23
根据18S rDNA、5.8 S rDNA和28 S rDNA保守序列设计引物，应用聚合酶链式反应（PCR）扩增了文蛤（Meretrix meretrix L.）、青蛤（Cyclina sinensis G.）、硬壳蛤（Mercenaria mercenaria L.）和江户布目蛤（Protothaca jedoensis L.）4种帘蛤科贝类的第一内转录间隔区（ITS1）和第二内转录间隔区（IT...
北京鸭HMGs和HP,的分离纯化及其对细胞核体外转录的影响
北京鸭 HMGs a HP 转录活性
2008/1/21
本文用改进的CM-5cphadcx C-25柱层析的方法，纯化了HMG各组份及HP,。在北京
鸭嗜多染红细胞核体外转录体系中测定了HP, b HMG，及HP：十HMGs对转录活性的影响．实验结果表明，单独的HMG，和单独的HP：对转录活性均无显著性的影响，而HP：十HMGs对转录活性有明显的抑制作用。
rbcL 转录物在原核体系中的成熟作用与其3′端碱基序列的关系
rbcL,缺失子 S1定位 转录后加工
2008/1/21
摘要对烟草(Nicotiana tobacum)rbcL 转录单位3′端前后相连的2个逆向重复序列作系统删 减并单独将此2个序列分开。在原核体系中考察这些缺失予的转录物，结果表明，成熟rbcL mRNA的积累依赖于3′端的大逆向重复序列及未翻译区的一段序列。
将带有逆向重复序列的片段插入菠菜rbcL启动子及苏氨酸终止子之间，大肠杆菌的RNA 多聚酶读过rbcL3′端的逆向重复序列而全部...
核转录因子PPARγ2的研究进展Advances of Nuclear Translation Factor:Peroxisome Proliferator-actived Receptor γ2
过氧化物酶增殖物激活受体γ2基因 2型糖尿病 肥胖 多态性
2008/1/16
摘要过氧化物酶增殖物激活受体γ2(PPARγ2)是一个转录因子，属于核受体超家族的成员之一。其主要在脂肪组织表达，对脂肪细胞分化进行调控。其常见多态性Pro12Ala已发现与肥胖及2型糖尿病关系密切。它也是治疗糖尿病药物噻唑烷二酮类药物（TZDs）作用的靶分子。因此，对其进行代谢调控分子机制的研究，可能有助于对2型糖尿病预防或治疗中起作用的新药物靶位点的发现。
Abstract:Peroxiso...
核转录因子结合活性与血管平滑肌细胞增殖的关系
血管平滑肌细胞 核转录因子 NF-κB
2008/1/7
通过培养血管平滑肌细胞(VSMC)的直接细胞计数显示自发性高血压大鼠S HR的细胞增殖快于正常血压大鼠WKY;应用DNA-蛋白质凝胶漂移泳动技术比较SHR和WKY的VSMC核转录因子Ap1、Ap2、GRE、CREB、Sp1、CTF/NF1、NF-κB结合活性,发现SHR的CTF/NF1和NF-κB结合活性高于WKY,用P65和P 50抗体证明了NF-κB结合的特异性;同时,LPS诱导VSMC和PD...
摘要 为寻找纤维化形成中调控人Ⅰ型前胶原基因高水平转录的启动序列及其DNA结合蛋白 ,以人皮肤成纤维细胞α1(Ⅰ )前胶原基因转录起始点上游 - 2 5kb至 + 4 2bp的片段为靶序列 ,采用PCR、基因重组、报告基因测活、细胞基因转染技术比较不同长短启动子活性 .凝胶滞留实验 (EM SA)研究高启动活性片段相应的DNA结合蛋白 .基因转染高活性转录因子识别序列至靶细胞 ,探讨前胶原基因激...
人成纤维细胞转录因子Sp1Sp3对p16~(INK4a)基因的调控
人成纤维细胞转录因子Sp1Sp3 人胚肺二倍体成纤维细胞(2BS) 电泳迁移率变动分析(EMSA) 细胞周期蛋白依赖激酶(cdk)
2007/12/24
摘要 p16 INK4a是一种细胞周期蛋白依赖激酶 (cdk)的抑制因子 ,它通过抑制cdk4与cdk6的活性 ,使视网膜母细胞瘤抑制蛋白Rb处于低磷酸化状态 ,从而使细胞阻滞于G1期 .对p16 INK4aATG上游 6 2 2bp片段进行序列分析发现 ,该区域富含GC ,其中有 5个GC盒 (分别命名为GC Ⅰ～GC Ⅴ ) .将上述片段插入到荧光素酶报告载体pGL3 Basic ,分别对 5...