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本发明公开了一种颗粒结合淀粉合成酶，该酶在对应于SEQ ID NO: 1所示氨基酸序列的一个或多个选自下组的氨基酸位点中发生突变：H236、N265、Y268、N353、R408、E410、K413、C487、A114、EA314-315和T543，所述酶的比酶活性显著降低。因此，本发明揭示特定氨基酸残基与直链淀粉含量的关系，从而能调节水稻中直链淀粉含量，进而可用于改善稻米的食用品质。