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Computational Mining and Survey of Simple Sequence Repeats (SSRs) in Expressed Sequence Tags (ESTs) of Dicotyledonous Plants
computational mining simple sequence repeats Expressed Sequence Tags
2015/5/26
DNA markers have revolutionized the field of genetics by increasing the pace of genetic analysis. Simple sequence repeats (SSRs) are repetitions of nucleotide motifs of 1 to 5 bases and are currently ...
Computational Mining and Survey of Simple Sequence Repeats (SSRs) in Expressed Sequence Tags (ESTs) of Dicotyledonous Plants
computational mining simple sequence repeats Expressed Sequence Tags
2015/1/9
DNA markers have revolutionized the field of genetics by increasing the pace of genetic analysis. Simple sequence repeats (SSRs) are repetitions of nucleotide motifs of 1 to 5 bases and are currently ...
基于454 GS FLX高通量测序的团头鲂ESTs中微卫星特征分析
团头鲂 EST-SSR 特征
2013/10/17
微卫星或简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)广泛存在真核生物的基因组中, 因其数量丰富、多态性高、共显性等特点[1], SSR 标记被公认为目前遗传学研究中最令人信赖的分子标记之一, 被广泛应用于动植物的遗传研究和育种实践中。其中, 表达序列标签
(Expressed Sequence Tag, EST)微卫星(EST-SSR)反映基因的编码部分, 可以为功能基因...
基于绵羊皮肤组织ESTs开发新型微卫星标记
绵羊 皮肤 EST SSR
2010/2/22
利用生物信息学方法，在从国际公共生物数据库检索获得绵羊皮肤组织相关的3295条EST序列中筛选微卫星标记。结果表明,从绵羊皮肤组织相关的EST序列中搜索到微卫星209个,含有微卫星的序列196 个,占整个EST 序列数据库的6.3% , 其中双碱基重复150个,三碱基重复19个,四碱基重复12个,五碱基重复17个,六碱基重复11个。在这些微卫星序列中,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,占双碱基微...
本项研究以雌性草鱼肠道为实验材料，采用非均一化的Oligo—dT引物定向克隆技术构建了草鱼肠道组织的
cDNA文库，对文库质量的分析结果表明：cDNA文库的库容量至少为2．3×lo5，重组率达95％ ，平均插入片断长度
大于1000bp。挑取cDNA克隆进行5’端测序，总共进行了1571个成功反应，其中l4ll条ESTs长度大于100bp，初步
拼接得到939个单基因簇(Unigene)，其...
大规模筛选表达序列标签（ESTs）方法的改进
cDNA 文库 表达序列标签 菌液电泳 筛选
2009/5/19
介绍一种改进的大规模ESTs 筛选的方法。以SMARTTMcDNA Library Construction Kit 所构建的毛冠鹿大脑cDNA 文库为研究材料,
基于该文库噬菌体可自发转化为质粒的特点, 直接把噬菌体文库转化为质粒文库。随机选取平板中转化后的质粒cDNA 文库克隆, 振荡
培养后运用菌液电泳的方法代替传统的PCR 筛选法, 对重组克隆进行筛选。改进的菌液电泳法可以准确鉴定出重...
恶性疟原虫FCC1/HN株新抗原表达序列标记位（ESTs）的获得
恶性疟原虫 抗原 cDNA 表达序列标记位
2009/4/7
目的： 以筛选恶性疟原虫ＦＣＣ１／ＨＮ 株λｇｔ１１ ｃＤＮＡ 表达文库所获得的强阳性克隆作基础， 对上述强阳性克隆的ｃＤＮＡ 插入片段进行ＤＮＡ 序列测定， 阐明相对应的新表达序列标签 （ＥＳＴｓ）， 作为发现新抗原基因的线索。方法：以ｃＤＮＡ 表达文库接头的较长链作ＰＣＲ引物、扩增ｃＤＮＡ 插入片段，将扩增产物克隆入Ｍ１３ ｍ ｐ１８测序载体， 进行部分ＤＮＡ 序列测定、编辑， 将之在ＧｅｎＢ...
Predicting Intron Sites by Aligning Cotton ESTs with Arabidopsis Genomic DNA
Intron Aligning ESTs Arabidopsis Genomic DNA
2008/12/9
Among the transcribed regions of a gene, introns are the most polymorphic; therefore, they are ideally suited for developing molecular markers. The identification of intron regions, however, is not a ...
猪脂肪组织表达序列标签(ESTs)的研究
猪 脂肪 cDNA文库 表达序列标签
2008/8/22
对猪脂肪组织cDNA文库的2104个克隆进行EST研究,其中563个ESTs在猪种中已有匹配序列,682个在人类及其它物种中可以找到同源序列,376个ESTs为未知新基因,有298个因序列质量差无法做分析,185个在EST库中有同源序列。所分析的376个新ESTs中,其中有159个具有ORF结构,43个具有Poly(A)和CpG特征,这些结果初步显示了猪脂肪组织的功能基因表达特点。
...
鸡下丘脑cDNA文库的构建及部分克隆ESTs序列初步分析
鸡 下丘脑 cDNA文库 表达序列标签
2008/2/5
摘要以鸡下丘脑为实验材料，以λgt10为载体，构建了鸡下丘脑cDNA文库。结果表明，文库的滴度为3.8×106，重组率为80％，插入片段大小集中在1.0～3.0kb之间。从cDNA文库中随机挑取10个克隆，并对其ESTs进行了测定和初步分析。经BLASTn和FASTA3分析后发现，4个ESTs在鸡中已有同源序列，4个在人或其他物种中也可以找到同源序列，有两个为未知功能基因。所测10个ESTs序列均...
摘要以久仰香猪、剑白香猪和长白猪3个品种的脾脏为材料，以品种间同一组织不同的发病状态为对照，将DDRT-PCR技术与银染法相结合进行差异显示研究，筛选与仔猪腹泻抗性相关的特异表达ESTs。在脾脏未发病RNA池中检测到5条特异表达ESTs，其中一条与Nck转导蛋白同源，一条与长散布元件反转录酶同源，一条为相似性较高的未知功能序列，两条为新序列。
猪脂肪组织表达序列标签（ESTs）大规模测序及分析
表达序列标签 测序 主组织相容性抗原
2008/1/29
摘要 利用大规模DNA序列测定的方法，对猪脂肪组织进行了表达序列标签（Expressed Sequence Tag，EST）序列测定，获得高质量EST共7790个，并对此进行了初步分析。使用STACK_PACK软件进行聚类分析,得到4354个基因聚类，包括3 609个单拷贝基因和745个多拷贝基因；将候选基因序列用BLASTN与nr库进行比较（e＝1e-10），从4 354个候选基因中得到271...
通过构建香猪肌肉组织cDNA文库，并在文库中随机挑选克隆进行测序的方法，获得了131个香猪肌肉EST序列。在这131个EST序列所代表的109个单一克隆中，有99个为人类及其他物种的同源序列，3个为已知的猪的ESTs，7个为未知ESTs。对这10个已知、未知ESTs进行开放阅读框预测并进行BlastX分析，没有找到高度同源的氨基酸序列。对上述EST所对应的基因功能分析结果表明，除去27.27%的E...
筛选代表小鼠植入前胚胎紧密化相关基因的ESTIdentification of ESTs of Genes Related to Compaction in Preimplantation Embryos of Mouse
植入前 紧密化 抑制消减杂交 差异表达 小鼠
2008/1/10
摘要
分别收集181及241枚昆明白小鼠8细胞早期胚胎及8细胞紧密化胚胎，采用SMART PCR方法直接合成胚胎双链cDNA。进而运用抑制消减杂交技术（SSH）对8细胞早期胚胎及8细胞紧密化胚胎的基因表达进行研究，并将所获得的差异表达产物按片段大小分段分离纯化后克隆入pUCm-T载体中，经PCR鉴定后挑选阳性克隆进行测序，筛选出27个代表8细胞早期胚胎和紧密化8细胞胚胎差别表达基因的cDNA片段...