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DNA Self-Assembly and Computation Studied with a Coarse-grained Dynamic Bonded Model
DNA Self-Assembly Computation Studied Coarse-grained Dynamic Bonded Model Biological Physics
2012/5/3
We utilize a coarse-grained directional dynamic bonding DNA model [C. Svaneborg, Comp. Phys. Comm. (In Press DOI:10.1016/j.cpc.2012.03.005)] to study DNA self-assembly and DNA computation. In our DNA ...
Macroscopic loop formation in circular DNA denaturation
Macroscopic loop formation circular DNA denaturation Biomolecules Statistical Mechanics
2012/5/3
The statistical mechanics of DNA denaturation under fixed linking number is qualitatively different from that of the unconstrained DNA. Quantitatively different melting scenarios are reached from two ...
Using Monte-Carlo simulations, we deconvolved the sliding and hopping kinetics of GFP-LacI proteins on elongated DNA from their experimentally observed seconds-long diffusion trajectories. Our simulat...
基于蛋白质-DNA复合物晶体结构的DNA结构动力学特性研究
蛋白质—DNA复合物(Protein-DNA complex) 晶体结构(Crystal structure) 力常数(Force constant) DNA 动力学结构(Dynamic Structure)
2008/3/7
依据最新NDB数据库中蛋白质-DNA复合物晶体结构数据， 考虑DNA结构的序列依赖特性，对10个二联体和36个约化的四联体计算了DNA动力学结构模型中的关键参数——力常数矩阵，矩阵中的非对角项反映了结构参数间的关联。利用改进的DNA结构动力学模型，可以方便地计算给定序列的结构动力学特性。Study on DNA Dynamic Structural Feature Based on DNA...
水稻、高粱稻重复顺序DNA复性动力学分析
高粱稻 水稻
2008/2/4
摘要应用DNA复性动力学方法对水稻、高粱以及它们的杂交后代高粱稻的重复顺序DNA进行了分析 。配合应用计算机技术，研究了它们基因组结构的概况。发现与母本水稻相比，远缘杂交后 代高粱稻基因组在中度重复顺序部分发生了变化。
鲤鱼、鲫鱼和鲤鲫移核鱼DNA的复笥动力学研究与比较
鱼 移核 DNA 复性 基因组结构
2008/2/2
摘要本文报道鲤鱼、鲫鱼DNA复性动力学研究结果。它们均由快、中、慢速复性3个组份构成。鲤 鱼DNA中Cot＜1×10-1的复性组份占7.5%，1×10-1＜Cot＜1×10 2的复性组份占22%；5×10 -1＜Cot＜1×10 2的复性组份占6%，Cot＞1×10 2 的复性组份占70%。它们都没有明显百分 数的迥近序列组份；快速复性组份的拷贝数低于10 6，相当于中度重复序列Ⅰ；中、慢速复 性...