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植物EST计划作为植物基因组计划的一个重要组成部分，本文概括介绍了几种主要EST标记(EST-SSR, EST-PCR, EST-SNP, EST-AFLP, EST-RFLP)在比较基因组学，系统发育学，基因功能研究等方面的应用情况，并对EST标记的应用前景作了展望。