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首先基于频率分析方法抽提出果蝇核糖体蛋白(RP)基因外显子上游直至第1个内含子结束的序列(称为启动子)中潜在的调控模体,这些模体中有85%与实验上的转录因子匹配.然后将抽提出的模体两两配对,运用超几何分布找出出现条数比例在RP基因中显著高于在背景启动子中的模体对,并进一步用K-S检验提取出它们在RP基因中的距离分布与背景距离分布有显著差异的模体对,这些模体对被认为具有转录协同作用.它们中的一部分与...
贝叶斯聚类在基因表达谱知识挖掘中的应用
基因表达谱(Gene expression profiles) 聚类算法(Clustering algorithm) 数据挖掘(Knowledge discovery) AUTOCLASS程序(AUTOCLASS)
2008/3/5
在大规模基因表达谱的数据分析中引入了一种全新的基于贝叶斯模型的聚类算法。从生物学背景出发, 研究了该算法应用在大规模基因表达谱中的理论基础和算法优越性, 并应用该算法对两个公共的基因表达数据集进行了知识再挖掘。结果表明, 与其他聚类算法相比, 该算法在知识发现方面具有显著的优越性。挖掘出的生物学知识对该领域研究人员的实验设计也有一定的启发性。APPLICATION OF BAYESIAN CLUS...
构建数量性状基因图谱的几种统计方法
数量性状基因图谱 统计方法
2008/1/4
以线性数学模型为线索,概述了用于构建数量性状基因图谱的几种主要统计方法,包括方差分析法、标记回归法、区间作图法、复合区间作图法、Jansen的复合区间作图法、双侧标记回归法以及新近发展的多区间作图法和多亲本作图法等.讨论了各种方法的优缺点.