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北京师范大学数学与复杂系统教育部重点实验室成立于2005年,于2009年通过教育部验收。经过多年的实践,实验室建立了完善的基础数学、随机数学、计算数学、应用数学、数学教育等学科群,在基础数学、随机数学及交叉领域、数学教育等方面形成了自己的优势和特色,在国内外同行中具有相当的影响,学科的国际地位稳步提升。
北京大学“数学及其应用”教育部重点实验室是作为世界银行贷款“重点学科发展项目”在1989年建立的。1994年成为国家教委重点开放实验室,1995年通过了国家教委世界银行贷款项目专家组对实验室的验收检查,2000年、2005年被准予参加国家实验室评估,分别名列当年数理口第三和第四,2009年、2014年、2020年参加了教育部的评估,被评为优秀,是国内外具有重要影响的数学研究和教育机构。