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天津工业生物所等发表人工智能加速菌种改造DBTL循环的前沿综述（图）
菌种改造 人工智能 菌种设计
2023/2/7
随着代谢负担的增加和生物反应器条件的压力变化，宿主细胞生理特性往往变得不可预测。合成生物学家需要从大量的实验数据以及旧文献中的“教训”中学习。在微生物菌株开发过程中，通常涉及到设计-构建-测试-学习 (DBTL) 循环，这种方法集成了菌株计算设计、基因工程改造、发酵测试和组学分析，以提升菌种性能，解决生产瓶颈。然而，DBTL可能会进入无效循环，其众多的工程周期只会产生大量的信息，而不会导致产品性能...
2022年9月19日，华中科技大学生命学院系统生物学与生物信息系宁康教授团队，以华中科技大学为唯一单位在国际权威期刊Briefings in Bioinformatics上发表题为“EXPERT: transfer learning-enabled context-aware microbial community classification”的研究论文，提出一种基于迁移学习的情景感知微生物群落...
人工智能有望短期发现多种新型抗生素
人工智能 新型抗生素 抗菌肽
2022/6/14
目前抗生素耐药性已被世界卫生组织列为人类面临的十大公共卫生威胁之一。因此，快速高效的寻找新型抗生素迫在眉睫。抗菌肽（AMP）由于不太可能引起耐药性，不仅能成为传统抗生素替代品，还为抗生素耐药性的病原体提供了新的候选药物来源。
研究构建基于分子模拟与人工智能的蛋白质热稳定性预测模型
分子模拟 人工智能 蛋白质 热稳定性
2022/1/20
近日，中国农业科学院生物技术研究所微生物蛋白设计与智造创新团队与国内科研单位合作，构建了基于分子动力学模拟与人工智能相结合的蛋白质突变体热稳定性预测策略，并通过该策略成功实现了提升PET塑料降解酶耐热性的分子设计，为酶蛋白的定向分子设计提供了新方法并为塑料的生物降解提供了新材料。相关研究成果发表在《计算与结构生物技术期刊（Computational and Structural Biotechno...
随着全球新冠疫控的持续，新型冠状病毒基因组在流行过程中持续发生变异。迄今，在全球科学技术人员的共同努力下，已经对超过400万例病毒基因组进行了测序，并构建了多个病毒基因组数据库。这些数据库（如GISAID）在收集、展示数据的基础上，包含了病毒分型、溯源分析等功能，为全球疫情的监测追踪提供了重要的信息。然而，随着对变异研究的深入，对变异造成的功能影响日渐成为关注的焦点。目前，在全球多个国家和地区均发...
微生物高特异性、高灵敏性的快速鉴定在临床检验、食品安全、海关边检等众多领域有广泛的需求。随着国家生物安全重要性的日益凸显，对微生物精准快检的需求更加迫切。当前的微生物检测鉴定方法大多依赖于纯培养，耗时通常较长，很难在分钟级别实现准确的鉴定。 拉曼光谱是光子与化学分子之间产生非弹性散射而形成的非连续谱带。每种化学分子都具有自身特异的拉曼光谱，根据拉曼光谱的特征可以准确鉴定化学分子，因此拉曼光谱被称为...
近期，中国科学院微生物研究所的吴边团队通过使用人工智能计算技术，构建出一系列的新型酶蛋白，实现了自然界未曾发现的催化反应；并在世界上首次通过完全的计算指导，获得了工业级微生物工程菌株，取得了人工智能驱动生物制造在工业化应用层面的率先突破。β-氨基酸是一大类非蛋白质氨基酸，具备多样的特殊生物活性，被应用于医药、食品、农牧业等多个产业。除此之外，β-氨基酸还被广泛应用于重要活性天然产物和药物合成中。β...