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天津工业生物所构建首个基于图数据库的大肠杆菌调控代谢图谱（图）
图数据库 大肠杆菌 无服务器架构
2023/2/7
细胞中的代谢调控非常复杂，一个特定的细胞功能往往由一系列不同类型的代谢途径调控相互作用决定。例如，氨基酸的代谢通常由不同类型的相互作用组成的反馈或前馈回路来调节。由于缺乏对这些调控关系的全局性认识，对细胞进行代谢重塑时常触发胞内复杂调控而无法达到预期目标，这是目前细胞工厂构建中的存在的共性问题。通常不同类型的调控数据散落在各个不同的数据库，生物学家很难通过仅关注与所研究的代谢物/蛋白质密切相关的一...
白质是神经元轴突组成的纤维束，通过传递动作电位实现脑区间的信息传递。非侵入式检测白质的功能活动对于探究人脑的信息交互至关重要。虽然白质的血氧（BOLD）信号十分微弱，但仍然能够通过超高场功能核磁共振成像（fMRI）技术进行检测。目前白质的BOLD fMRI信号与神经活动的关联存在较大争议，并且缺乏对白质精细功能图谱的描绘。通过群体感受野模型（pRF）对人脑连接组计划（HCP）的7T高分辨率fMRI...
科学家将人类胚胎发育的前60天划分为23个发育时期，即卡内基分期（Carnegie stage，CS1-CS23）。目前，人类CS1-CS7胚胎发育事件已被多个团队解析，而人类CS7后的早期器官发生时期的胚胎难以获得，此阶段的研究仍为空白。非人灵长类动物与人类在进化上关系密切，经常被用作研究人类早期胚胎发育的动物模型。中国科学院动物研究所等研究人员绘制了非人灵长类动物原肠运动与早期器官发生的单细胞...
乳酸（lactate）是哺乳动物糖酵解代谢中的主要产物，在肿瘤、败血症、自身免疫性疾病等病理状态下显著增多，其生物学功能因肿瘤细胞中存在的“瓦伯格效应”（Warburg effect）而得到关注。2019年，美国芝加哥大学教授Yingming Zhao团队发现哺乳动物细胞内的乳酸可驱动形成新型组蛋白翻译后修饰（PTM）——赖氨酸乳酰化（Kla），进而发挥重要的基因转录调控功能，从而为乳酸的非代谢功...
中国科学院科学家绘制肝癌组织乳酰化修饰图谱（图）
绘制肝癌 乳酰化修饰图谱 免疫性疾病
2023/1/8
乳酸（lactate）是哺乳动物糖酵解代谢中的主要产物，在肿瘤、败血症、自身免疫性疾病等病理状态下显著增多，其生物学功能因肿瘤细胞中存在的“瓦伯格效应”（Warburg effect）而得到关注。2019年，美国芝加哥大学教授Yingming Zhao团队发现哺乳动物细胞内的乳酸可驱动形成新型组蛋白翻译后修饰（PTM）——赖氨酸乳酰化（Kla），进而发挥重要的基因转录调控功能，从而为乳酸的非代谢功...
乳酸 (lactate) 是哺乳动物糖酵解代谢中的主要产物，在肿瘤、败血症、自身免疫性疾病等病理状态下显著增多。其生物学功能因肿瘤细胞中存在的“瓦伯格效应(Warburg effect)”而得到广泛关注。2019年，芝加哥大学Yingming Zhao教授团队发现哺乳动物细胞内的乳酸可驱动形成一种新型组蛋白翻译后修饰（PTM）——赖氨酸乳酰化（Kla），进而发挥重要的基因转录调控功能，从而为乳酸的...
人的生命开始于精子与卵子融合形成受精卵（胚胎期第0天；Embryonic day 0；E0），受精卵经历卵裂形成囊胚，囊胚在E7左右种植到母体子宫进一步发育。E14开始，胚胎经历原肠运动，胚胎后部细胞发生大规模定向迁移，并形成原条细胞。原条细胞进一步分化为中胚层和定型内胚层（definitive endoderm），同时胚胎前部细胞分化为外胚层。基于此，胚胎发育成为具有内胚层、中胚层和外胚层的三胚...
基于单细胞转录组测序图谱的肿瘤病灶溯源（图）
单细胞 转录组 测序图谱 肿瘤
2023/6/20
杨朝勇教授课题组与合作者发展了基于单细胞转录组测序图谱与深度迁移学习的循环肿瘤细胞组织溯源新方法, 相关成果以“Deep transfer learning enables lesion tracing of circulating tumor cells”为题发表于《自然-通讯》（Nature Communications, 2022, 13, 7687）。
科学家系统性绘制神经胶质细胞分子图谱
神经胶质细胞 分子图谱 神经元
2024/1/23
神经胶质细胞不仅可以支持和连接不同神经元，还起着分配营养物质、参与修复和吞噬过程等重要作用，但神经胶质细胞的亚群类型和分子特性仍有待深入了解。美国宾夕法尼亚大学的研究团队绘制了人类多种神经胶质细胞各阶段分子图谱，相关成果在《Cell Stem Cell》发表，论文的标题为：A single-cell transcriptome atlas of glial diversity in the hum...
细胞内RNA作为指导蛋白质翻译的模板，受到了多种调控和修饰。不同的情况下，基因产生的转录本表达水平会发生改变，乃至产生不同的转录异构体，进而形成多种蛋白质亚型。在RNA转录本水平进行研究，可以更加精准地描绘癌症转录组的改变。然而，目前大部分的研究是在基因水平，而忽视了RNA转录本的多样性，尚未有研究系统性地分析大规模人源癌细胞系的转录本图谱，并揭示其调控及与抗肿瘤药物敏感性的关系。
南方科技大学生命科学学院翟继先团队绘制植物多组织mRNA poly(A)尾长度图谱
南方科技大学生命科学学院 翟继先 Nature Plants 植物多组织 mRNA poly(A)尾长度 图谱
2022/10/19
近日，南方科技大学生命科学学院植物与食品研究所翟继先副教授团队在Nature Plants在线发表了题为“An atlas of plant full-length RNA reveals tissue-specific and monocots-dicots conserved regulation of poly(A) tail length”的研究论文。该研究建立了包含拟南芥7个不同组织以及...
Epigenetic information regulates gene expression and development. However, our understanding of the evolution of epigenetic regulation on brain development in primates is limited. Here, we compared ch...
在哺乳动物卵子向早期胚胎转变的过程(oocyte-to-embryotransition,OET)中，翻译在减数分裂、合子基因组激活和早期胚胎发育过程中扮演了一个重要的角色。合子基因组激活(humanzygoticgenomeactivation,ZGA)作为生命起始时的第一次转录事件和启动胚胎发育进程的关键事件，在哺乳动物中仍未被完全理解清楚。尽管启动ZGA的关键转录因子在其他物种，如斑马鱼和果...