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贝叶斯统计在QTL作图中的应用研究进展
贝叶斯统计 QTL作图 进展
2008/1/24
摘要在许多复杂情况下, 贝叶斯统计方法比经典数理统计方法能更直接解决问题, 且可有效整合部分先验信息, 但其需要高强度计算的特性曾限制了其广泛应用。近几十年来, 随着高速计算机的发展以及MCMC算法的不断提出, 贝叶斯方法已被用于群体遗传学、分子进化、连锁作图和数量遗传学等研究领域, 文章综述了数量遗传学中QTL作图的贝叶斯方法从简单到复杂的发展历程。
基于F3种子的胚乳性状QTL区间定位
胚乳 QTL作图 母体效应 两步等级设计
2008/1/24
摘要文章提出了包括胚乳效应和母体效应的胚乳性状QTL定位的统计方法，该方法的实验设计是分子标记基因型信息来自F2母体植株和F3种子胚（或植株），胚乳性状表型值来自F3单粒种子胚乳，称之为两步等级设计。同时，用计算机全面模拟以验证该模型的可行性，模拟结果表明，只要群体足够大，该模型能较有效地进行胚乳性状QTL定位并精确地估计出胚乳QTL的各种遗传效应和母体效应。
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多QTL定位的压缩估计方法
Bayesian分析 上位性 多QTL模型 数量性状基因座 压缩估计
2008/1/23
本文综述了多标记分析和多QTL定位的压缩估计方法。对于前者，Xu (Genetics, 2003, 163:789-801)首先提出了Bayesian压缩估计方法。其关键在于让每个效应有一个特定的方差参数，而该方差又服从一定的先验分布，以致能从资料中估计之。由此，能够同时估计大量分子标记基因座的遗传效应，即使大多数标记的效应是可忽略的。然而，对于上位性遗传模型，其运算时间还是过长。为此，笔者将上述...
世代重叠群体多个QTL最优化选择
选择 最优化 数量性状位点 世代重叠
2008/1/23
一种扩展的方法能够在一个世代重叠的群体内对多个数量性状位点选择进行最优化,目的是为了在整个计划期内获得最大的累积反应加权和。该模型允许群体有多个性别年龄组、公母畜间有不同的年龄组数、各年龄组有不同的遗传贡献。整个最优化问题被描述成一个多阶段系统优化控制问题，通过一个向前和向后的迭代循环解决。用一个世代重叠的实际育种猪群的参数来评价该方法的选择效果，并和标准QTL选择和常规BLUP选择进行比较。模拟...
摘要高效地筛选标记,是复合区间作图方法定位QTLs的基础。筛选出的主效标记和互作标记,除了用作控制背景遗传效应外,在定位具有上位性效应的QTLs时,还将用于构筑两维搜索区间。因而,标记筛选的效率将直接影响QTL定位的功效和精度。通过对不同方法筛选标记的效率进行模拟研究,发现回归方法明显优于随机效应预测方法,同归方法中又以前向选择法简单有效。普通遗传力和基因型×环境互作遗传力的增加都能提高标记筛选效...
QTL×环境互作对标记辅助选择响应的影响
标记辅助选择 QTL × 环境互作效应 一般选择响应 总体选择响应
2008/1/21
摘要基因型×环境互作是植物数量性状的普通属性和遗传育种改良的关注重点。文章采用MonteCarlo模拟方法研究了基因型×环境互作对标记辅助选择(marker–assistedselection，简称MAS)响应的影响。揭示了育种上利用QTL(quantitativetraitlocus,简称QTL)应当同时考虑其环境互作效应。存在基因型×环境互作下，MAS比普通表型选择更有效。特别以选育广适应性的...
水稻低温发芽力QTL定位和遗传分析
水稻 重组自交系 低温发芽力 QTL
2008/1/20
摘要以Kinmaze(粳稻)/DV85（籼稻）的重组自交系F10世代群体检测了影响水稻低温发芽力性状的数量性状基因座（QTL）。通过测定不同时期的低温发芽率，确定了15℃低温、第10 d为检测低温发芽率的最适处理温度和时间，该条件下能够充分检测到品种的差异和分离群体的变异。通过设置对照，证明所检测的低温发芽率不受休眠及二次休眠的影响。15℃低温、第10d时，Kinmaze的发芽率达35%，DV85...
摘要 利用高度选育的8头瘦肉型长白猪为父本，16头中国优良地方品种蓝塘猪为母本，采用远交系杂交的F2代设计方法，建立包括8头F1公猪、40头F1母猪和232头F2个体的猪资源群体。资源群体的遗传分析表明，所测定的32个性状都有一定的变异，主要经济性状的变异系数都在10%以上。进一步的方差组分估计表明，主要经济性状的加性遗传方差较大。在所测定6号染色体连锁群的22个微卫星DNA标记中，12个表现有...
基于分离亚群体QTL定位的模拟研究
QTL定位
2008/1/11
摘要在数量性状QTL的精细定位中, 通过数量性状目标QTL的近等基因系可构建分离群体。在目标QTL效应较大的情况下, 数量性状表型值可反映目标QTL的基因型。若目标QTL附近的标记密度大时, 大样本才能定位该QTL。但是, 这增加了试验费用。为节约试验经费, 若只利用QTL纯合隐性基因型植株的分子标记信息, 也可比较准确地定位该QTL。利用极大似然法, 分别推导出F2、BC、DH以及RIL群体中重...
植物QTL定位方法的研究进展
QTL定位 数量性状 遗传分析方法
2008/1/7
本文系统地介绍了QTL定位的单一标记分析法、区间作图法以及复合区间作图法、混合显性模型的分析方法,概述了一些主要定位方法的分析原理、存在的主要优缺点。单一标记分析法可以采用方差分析、回归分析或似然比检验的方法分析。区间作图法和复合区间作图法是基于两个相邻标记的QTL定位方法,可采用回归分析或最大似然法分析。复合区间作图法在模型中包括了与其他QTL连锁的标记,可以提高作图的精度和效率。混合线性模型的...
Mapplotter——一个输出遗传图谱、图示基因型和QTL曲线图形的软件
基于性状-标记回归的QTL区间测验方法
QTL 定位 性状-标记回归 区间测验
2008/1/4
本文提出了两种基于性状-标记回归的QTL区间测验方法，分别称为TMRIT-I和TMRIT-II。前者采用似然比统计量进行显著性测验，与基于最小二乘的简化复合区间定位法（sCIM）等价，但计算上明显简单快捷；后者则采用一种“伪似然比”统计量进行显著性测验，不仅进一步简化计算，而且明显提高统计功效。二者皆可通过排列测验估计显著阈值。给出了一个模拟例子。
微卫星标记与奶牛数量性状QTL定位Mapping Quantitative Trait Loci for Quantitative Traits in Dairy Cattle Using Microsatellite Markers
奶牛 数量性状基因座 微卫星标记
2007/12/30
摘要本文对奶牛产奶性能（产奶量、乳脂率、乳脂量、蛋白率、蛋白量）、乳房炎及体细胞数、繁殖性能、生产寿命等数量性状QTL定位研究进展进行了综述。
Abstract:Mapping of quantitative trait loci for some important traits (milk yield,fat percentage,fat yield,protein percentage,p...
从QTL到QTG的路还有多远?
复杂表型 数量性状基因(QTG) 分子机理 精细定位 分离策略 候选基因
2007/12/29
摘要植物大多数重要的经济性状都是数量性状, 人们对许多植物进行了数量性状基因座(QTL)的研究, 并取得了长足的发展。文章详尽地分析了数量性状表型与基因型的复杂关系, 介绍了当前QTL研究领域里的几种精细作图策略。讨论了当前挖掘控制目标性状QTL基因的研究过程中存在的困难和问题, 提出几个有待发展的研究方向, 并展望了该领域的发展前景。因目前的QTL仍然是一个相当大的染色体区段, 往往含有多个候选...