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衰老是细胞的重要生命现象之一,衰老假说之一认为细胞中残留DNA损伤的积累可加速细胞的衰老.因此,细胞内DNA损伤监测及修复系统的正常运行与细胞衰老调控密切相关,DNA损伤监测及修复相关酶如PARP、DNA-PK、ATM、p53等在细胞衰老中的调控作用日益受到广泛关注.研究这些蛋白质分子间的相互作用及其在细胞衰老过程中的调控功能,有利于揭示DNA损伤应激、损伤修复调控与细胞衰老之间的内在联系,为抗...
描述了两个从以含大量羟基磷灰石(钙)和细胞密度、数量甚低为特点的矿化的成年骨组织(成年大鼠颅骨)提取总RNA的改进方法.紫外分光光度法(A260、A280和A230)和1%甲醛变性琼脂糖凝胶电泳予以鉴定.进而以其逆转录的cDNA为模板扩增出β-actin和BMP-2基因,均表明所得总RNA完整和模板活性俱佳.每克骨组织中总RNA产量为560 μg.
短散在元件(SINE)广布于真核生物,是基因组中的可转移成分,长约100~500 bp,拷贝数可达数百至数十万以上,根据序列变异和鉴别位点常可分为若干家族和亚家族,对基因组的复杂化、基因的钝化、新基因的产生、尤其是基因表达的调控都具有重要意义.除了灵长类Alu和小鼠B1家族等少数来源于7SL RNA,大多为tRNA的衍生物,由tRNA同源区、tRNA无关区和富含AT区等组成.在tRNA同源区含有R...
传统的DNaseⅠ足迹法程序繁杂,并且要求目的蛋白经过一定程度的纯化.而固相DNaseⅠ足迹法通过结合有模板的磁珠,先富集序列特异的DNA结合蛋白,进行DNaseⅠ酶切,然后用测序胶分离并分析结果.此方法简便易行,重复性好,并减少了对操作者的放射性损害,尤其适用于研究未经纯化的核蛋白粗提物内序列特异蛋白.
克隆差异表达基因的新策略     基因表达  克隆  策略       2008/7/10
基因表达的变化有两种,即新出现的基因表达与表达量差异的基因表达.表达量差异的基因克隆技术主要有mRNA差异展示,此技术是目前筛选差异表达基因最有效的方法之一,但主要存在假阳性率高的不足,针对此缺点,近几年提出了新的策略与方法,如差异消减展示、基于PCR和减法杂交基础上的差异表达基因克隆技术,这些技术具有显著优势.
在锤头型核酶下游增加一段核酶作用的靶序列,使之成为自切割的核酶.将自切割核酶基因合成,扩增并克隆在质粒pBluescript SK上, 经连续4次克隆获得含10个拷贝的自切割核酶基因的载体. 5%聚丙烯酰胺变性凝胶电泳结果显示:体外转录过程中多体酶发生了自切割,核酶转录物切割成从70 nt到706 nt的RNA等梯度带,因此,可以作为RNA分子质量标记之用.
人类基因组中有35%以上的序列为转座子序列.反转录转座子是引起人类疾病的潜在病因.人类基因组中的主导转座子——L1反转录转座子内部有二个开放读框,其编码蛋白具有RNA结合蛋白、反转录酶和内切酶活性.L1可能通过靶引物反转录机制整合到染色体中;Alu等非自主性反转录转座子可能利用L1反转录酶的反式互补作用进行转座.
反义寡核苷酸可作为基因表达的抑制剂和潜在的治疗药物,但多种类型的寡核苷酸为聚阴离子化合物,难以跨过细胞膜.已知包括融合肽、信号肽在内的多种生物活性多肽具有跨膜与核定位能力.讨论了反义寡核苷酸-肽缀合物的合成和生物活性.
蛋白质Tat转运系统不同于细菌中普遍存在的Sec转运系统,而与植物叶绿体中蛋白质转运的ΔpH依赖系统相似.通过Tat系统转运的蛋白质底物含有特征性的双精氨酸保守序列核心S/T-R-R-x-F-L-K的信号肽,其h区的疏水性低,c区有由高赖氨酸、高精氨酸构成的避开Sec系统信号,信号肽和成熟蛋白质的组成对蛋白质的转运都有影响.TatA、TatB、TatC和TatE四种蛋白质参与了大肠杆菌的Tat转运...
对RNA药靶的特点、研究策略和针对RNA药靶的小分子药物筛选方法,进行了综述.RNA的三级结构作为分子相互作用的识别位点和结合位点对RNA的生物功能的实现具有重要决定作用,RNA分子同蛋白质一样将成为新型小分子药物的作用靶点.
建立了循环逆转录反应方法(repeated reverse transcription reaction, RRTR).其原理是通过控制高温变性-低温退火延伸的循环过程,反复利用起始RNA模板进行逆转录反应.RNA杂交的结果证明在RRTR过程中,RNA模板是保持稳定的;点杂交结果表明cDNA产物量得到了增加;定量PCR的结果表明RRTR是cDNA线性增长过程.结果提示,RRTR可有效地提高...
介绍一种从不同类型细胞或不同生长状态细胞中分离差异表达基因的快速高效mRNA差异显示技术,其特点是利用Ready-To-Go RT-PCR反应珠和Ready-To-Go RAPD分析珠进行mRNA差异显示分析,使取样步骤降至最低程度,减少了潜在的取样误差和外源DNA污染,并确保每次反应的高度重复性.通过银染测序胶分析差异显示的cDNA带,便于DNA回收和进一步克隆.用此方法分析人胚发育早期不同阶段...
基因非编码区域剪接位点的识别是基因识别中一个非常具有挑战性的问题,尤其是5’非翻译区(5’UTRs)中剪接位点的识别。与一般剪接位点不同,5’UTRs剪接位点的两侧不存在由编码到非编码的状态转移,所以通常的剪接位点识别算法在UTRs区域的性能不太理想。本文采用了支持向量机(SVM)对5’UTRs中的剪接位点进行识别。为了提高识别精度,我们利用了基于矩阵相似性度量的核函数参数确定方法,它能够简单快速...
设计基于信息含量的调控元件识别算法,对酵母的基因表达数据聚类结果进行分析,旨在预测共表达基因上游非编码区可能存在的转录因子结合位点。分析已知受相同调控因子作用的基因上游序列的结果表明,算法能正确识别具有单一保守核心序列的调控元件和具有间隔子(spacer)的保守序列。通过分析共表达基因,算法提取出的候选调控元件,部分可能具有生物学意义,这还有待于生物学实验的进一步验证。
为探讨磷脂酰丝氨酸(phosphatidylserine,PS)外翻和磷脂氧化在凋亡细胞被吞噬细胞清除中的作用,用脂质体整合的方法将不同的磷脂整合到红细胞上或用N-乙酰马来酰胺(N-ethylmaleimide,NEM)预处理红细胞然后整合磷脂,制备含不同凋亡信号的红细胞模型,测定巨噬细胞对整合不同磷脂信号红细胞的结合率和吞噬率。结果表明,单独整合PS或用NEM处理造成PS外翻,可显著性提高巨...

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