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根据生物大分子核磁共振数据库（BMRB）内16条单链DNA序列中的碱基特征质子的化学位移信息，分析结果表明，五联体（pentaplet）是到目前为止可以由实验数据证明的、决定中部碱基质子化学位移水平的基本单位，即DNA碱基质子的NMR化学位移受所在五联体序列的控制。以五联体中部是T碱基为例，来自化学位移的证据符合来自量子力学计算所得“5'嘧啶-嘌呤比5'嘌呤-嘧啶的顺序更稳定”的论断，表现为5'嘧...
DNA序列的“双符三阶”图形编码
DNA字符编码(DNA letter coding) DNA数字编码(DNA digital codin) DNA双符三阶图形编码(DNA binote-tristave graphic coding)
2008/3/5
21 DNA的图形编码是在几何意义下，在不同位置，用不同的标记符号及不同的方向线段，对DNA的序列进行编码。DNA图形编码相对于DNA的字符编码而言，具有直观、简明、形象和便于比较局部DNA序列的相似性等特点。在分析已知各类DNA的图形表示模式的基础上，提出一种DNA序列的“双符三阶”图形编码，并以此对一些特异DNA编码序列进行分析。DNA图形编码与DNA字符编码呈一一对应关系，具有简便易行、编译...
DNA 序列中模式发现的一种快速算法
模式发现 判据 深度优先搜索
2008/3/5
模式发现是生物信息学一个重要的研究方向，目前的大部分算法不能保证获得最优的模式。本文提出了一种新的穷举搜索算法：判据搜索算法（Criterion Search Algorithm, CRISA），把模式发现问题转化成了一个层次图的路径搜索问题，推导了适用于三个节点的判据，在对局部路径的逐层扩展过程中，使用这一判据淘汰不合格的路径，获得了较快的计算速度。采用深度优先策略实现了搜索算法，使得算法仅仅需...
水稻、高粱稻重复顺序DNA复性动力学分析
高粱稻 水稻
2008/2/4
摘要应用DNA复性动力学方法对水稻、高粱以及它们的杂交后代高粱稻的重复顺序DNA进行了分析 。配合应用计算机技术，研究了它们基因组结构的概况。发现与母本水稻相比，远缘杂交后 代高粱稻基因组在中度重复顺序部分发生了变化。
鲤鱼、鲫鱼和鲤鲫移核鱼DNA的复笥动力学研究与比较
鱼 移核 DNA 复性 基因组结构
2008/2/2
摘要本文报道鲤鱼、鲫鱼DNA复性动力学研究结果。它们均由快、中、慢速复性3个组份构成。鲤 鱼DNA中Cot＜1×10-1的复性组份占7.5%，1×10-1＜Cot＜1×10 2的复性组份占22%；5×10 -1＜Cot＜1×10 2的复性组份占6%，Cot＞1×10 2 的复性组份占70%。它们都没有明显百分 数的迥近序列组份；快速复性组份的拷贝数低于10 6，相当于中度重复序列Ⅰ；中、慢速复 性...
氯化钠密度梯度离心法制备用于显微注射的外源DNA片段Sodium Chloride Step Gradients Centrifuge to Fractionate Foreign DNA Fragment for Microinjection
显微注射 氯化钠密度梯度离心 胚胎存活率 外源基因整合率
2007/12/31
摘要DNA显微注射是生产转基因动物最可靠和最常使用的一种方法，外源DNA的纯度对显微注射的成功起着至关重要的作用。本文介绍用氯化钠密度梯度离心的方法制备用于显微注射的外源DNA片段。与传统的琼脂糖凝胶回收的方法相比较，用此方法制备的外源DNA片段对小鼠受精卵进行显微注射后，受卵体母鼠的胚胎存活率,以及子代小鼠的外源基因整合率均有明显的提高。这一方法可为进一步提高转基因动物的成功率,提供方法学上的参...
扬子鳄与密河鳄基因组DNA的复性动力学和组织结构的研究
DNA复性 基因组结构 鼍 进化
2007/12/7
摘要通过DNA复性动力学的分析，测定了扬子鳄和密河鳄基因组的组织结构，两者的复性曲线非常想象，高度重复DNA含量很少，而中度重复DNA序列各占基因组的30％左右。中度重复序列部分能再分成三个组分，虽然每个组分的序列复杂必和拷贝数有差别，但每部分的总复杂性是相似的。我们已测得扬子鳄基因组的单拷贝序列为3.68×109bp，基因组为5.24×109bp,根据基因组的组织结构的分析，在分子水平上表明两种...