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中国科学院微生物研究所植物RNA沉默互作机制研究获新进展
微生物 植物RNA 互作机制 研究新进展
2012/2/22
RNA沉默是指在真核生物中发现的由小RNA（21-30nt）介导的、以序列特异性方式引起靶标基因表达受抑的现象。在植物中，除了能调控其生长发育，RNA沉默在植物抵抗病毒的入侵中同样起着非常重要的作用。一些植物病毒侵染常伴有卫星RNA的复制，并影响辅助病毒在寄主中的致病性。
昆虫变态发育过程中， 蜕皮激素通过一系列的激素相关转录因子进行信号的转导和放大， 从而完成对生长变态发育的调控， 其中蜕皮激素受体(EcR)及转录因子BR-C和E74A可能作为早期因子发挥作用。为了研究这3个早期转录因子在鳞翅目昆虫中的功能， 本研究采用体外合成dsRNA的方法， 将合成的dsRNA分别注射熟蚕期的家蚕Bombyx mori， 进行RNA干扰， 并对这3个基因被RNA干扰后的形态变...
中国科学院微生物研究所发现植物保护内源编码基因避免RNA沉默的新机制
中国科学院微生物研究所 植物保护 内源编码基因 RNA沉默 新机制
2011/10/14
在真核生物中，RNA沉默是一个具有核苷酸序列特异性的，能够导致RNA降解、DNA甲基化，异染色质形成，以及蛋白翻译抑制的调控机制。在植物中，诱发高效的RNA沉默还包括siRNA和甲基化在靶序列上的漂移、沉默信号在细胞间和整株植物的扩散并产生由信号诱导的RNA沉默（非自主性沉默）。植物中对报告基因（如GFP）以及植物非编码基因沉默的分子机制和参与沉默的组分已十分清楚。但是，对植物如何调控和避免内源蛋...
细菌小RNA识别研究方法进展
sRNA 识别 验证 进展
2012/3/15
细菌小RNA(sRNA)是一类长度在50~500 nt的调控RNA,主要通过与靶标mRNA以不完全配对方式结合来发挥调控作用,sRNA参与细菌基因的转录、翻译、mRNA稳定、成熟和加工等多个过程,因此,sRNA的发现及功能注释对了解细菌的致病机制至关重要。该文将对研究sRNA的各种计算机和实验方法进行综述,阐述各种方法的优缺点,并讨论今后的发展方向。
小RNA的调控和被调控
小RNA 调控 被调控
2011/10/14
真核生物非编码小RNA分子通过介导mRNA降解、抑制蛋白质翻译和染色质修饰负调控靶标基因的表达。小RNA在植物的生长发育，信号转导以及生物和非生物胁迫反应中起重要调控作用。植物基因组国家重点实验室方荣祥院士研究组在对水稻MAIF1(miRNAs regulated and abiotic stress induced F-box gene) 基因的研究中发现：该基因受植物激素脱落酸...
Validation of Gene Silencing Using RNA Interference in Buffalo Granulosa Cells
RNAi Transfection CYP19 Gene 17beta- Estradiol Buffalo Transcript Abundance
2016/5/9
Silencing of a specific gene using RNAi (RNA interference) is a valuable tool for functional analysis of a target gene. However, information on RNAi for analysis of gene function in farm animals is re...
棉花叶绿体基因RNA编辑位点的测定及分析
叶绿体 顺式作用元件 棉花 RNA编辑
2011/11/1
陆生植物叶绿体RNA编辑是转录后基因表达调控的一种重要方式。该文在预测棉花(Gossypium hirsutum)叶绿体基因RNA编辑位点的基础上, 选取中棉10 (CRRI 10)为实验材料, 采用PCR、RT-PCR及测序等方法, 确定CRRI 10的27个叶绿体蛋白编码基因共有55个编辑位点, 均是C→U的转换。与棉种柯字310(C310)的编辑位点比对后发现, CRRI 10多出accD-...
第二代测序技术又称作深度测序技术，应用到RNA上统称作RNA-seq或RNA测序，它已成为基因表达和转录组分析的重要手段。第二代转录组测序数据中含有大量不编码蛋白质的ncRNA序列，因为它们像宇宙中的暗物质一样难以识别和有重要功能，也被称为“基因组暗物质”。由于数据量巨大，保守性差，又有噪音干扰，这些“暗物质”的识别成为表观遗传学和调控网络研究的瓶颈。piRNA是数量最大的一类ncRNA，主要是通...
RNA沉默是昆虫用来抵御病毒入侵的一种普遍而又进化保守的防御机制， 而昆虫病毒也会相应地编码沉默抑制子来破坏宿主的防御功能。本文主要结合果蝇的相关研究成果对昆虫RNA沉默抗病毒机制、 RNA沉默抑制子的作用特征及宿主与病毒的共进化关系做一综述。研究表明， 由小干扰RNA (small interfering RNAs, siRNA)介导的RNA干扰在果蝇抗病毒防御机制中发挥重要作用。果蝇中Dice...
两种微量RNA扩增方法的比较研究
RNA扩增 IVT扩增 WT-ovation扩增 定量PCR
2012/7/17
本研究通过比较体外转录和单引物扩增这两种扩增微量RNA的不同方法， 以寻找一种高效的扩增方法。我们用两种不同方法分别扩增小鼠大脑全皮层及第五皮层细胞的RNA， 扩增的RNA合成cDNA后进行荧光定量PCR实验， 根据PCR结果比较两种不同扩增方法的效率。WTovation扩增RNA的效率约为IVT效率的2.8倍; IVT方法扩增后， 基因D-Ct值与引物距离mRNA 3’端的长度及mRNA的长度均...
为探索细菌表达目标基因dsRNA介导的RNAi技术是否在家蚕Bombyx mori可行, 本研究引入了在其他物种中广泛应用的细菌表达dsRNA的RNAi系统: HT115细菌株和L4440质粒。利用L4440载体两端含有T7启动子的特点, 设计并构建了针对家蚕核受体FTZ-F1基因的RNA干扰（RNA interference）载体, 将构建好的质粒转入大肠杆菌Escherichia coli H...
RNA编辑是一种转录后修饰加工过程, 通过碱基的插入、缺失或替换可改变氨基酸的种类, 增加蛋白质的疏水性和同源蛋白在不同物种间的保守性。该文通过DNA与cDNA序列的比对, 分析了裸子植物银杏(Ginkgo biloba)叶绿体功能基因ndhF的编辑现象, 该基因共含有21个编辑位点, 且这21个位点均为部分编辑。生物信息学分析及与其它物种比对结果表明, ndhF C290位编辑可能会影响该蛋白的...
TT2NE: A novel algorithm to predict RNA secondary structures with pseudoknots
algorithm predict RNA secondary structures
2010/11/15
We present TT2NE, a new algorithm to predict RNA secondary structures with pseudoknots. The method is based on a classification of RNA structures according to their topological genus. TT2NE guarantee...
RNA secondary structures, polygon dissections and clusters
RNA secondary structures polygon dissections clusters
2010/11/16
We show that the notion of induction introduced by Cassaigne, Ferenczi and Zamboni for trees of relations arising in the context of interval exchange relations can be generalised to the case of an arb...
Targeted Suppression of Connexin 43 in Ovine Preimplantation Embryos by RNA Interference Using Long Double-stranded RNA
Connexin 43 RNA Interference Ovine Embryo
2016/5/4
RNA interference (RNAi) is an acknowledged useful and effective tool to study gene function in various cells. Here, we suppressed the Connexin 43 (Cx 43) gene expression during in vitro development of...