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Annual Review of Cell and Developmental Biology丨杨力研究员受邀合作发表环形RNA长篇年鉴综述(图)
杨力研究员 生物医学研究院 生物化学
2023/4/14
2022年10月,复旦大学生物医学研究院杨力研究员受邀与国际同行在Annual Review of Cell and Developmental Biology期刊正式发表了题为“Biogenesis and Regulatory Roles of Circular RNAs”的长篇年鉴综述论文。该论文从同类型环形RNA的研究历程入手,将众多同类型的环形RNA依据其生成加工机制进行了系统分类,并针...
聚ADP核糖聚合酶抑制剂(PARPi)是第一款成功利用合成致死理论获批临床使用的药物,在BRCA突变引起的乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌和胰腺癌治疗中显示出很好的临床疗效和应用前景。但PARPi在肿瘤治疗过程中存在耐药性问题,且疗效仅限于DNA同源重组修复缺陷的肿瘤病人,严重限制了PARPi适用人群。因此,寻找能逆转肿瘤病人PARPi耐药性的新靶点,从而扩大PARPi获益人群,是目前PARPi临床应用亟...
大多数环形RNA来自外显子反向剪接,以共价键形成闭环结构。研究发现这类分子具有独特的生成加工过程,不同于线性RNA的折叠构象,并具有高稳定性。这些特色使得环形RNA在基因表达调控中具有重要功能,包括参与信号转导、细胞增殖、天然免疫调控等,并且具有独特的应用潜能,如环形RNA通过双链区域能够抑制PKR的异常磷酸化,可以作为翻译载体用于功能性蛋白质的表达等。
转录调控是细胞功能和发育的核心,受到一系列蛋白因子和非编码元件的精细调控。近年来报道表明,转录是一个液-液相分离的过程(liquid-liquid phase separation, LLPS)。RNA聚合酶II(RNA polymerase II, Pol II)的招募(recruitment)、起始(initiation)、和释放-延伸(pausing release and elongati...
真核生物基因转录可分为起始,延伸和终止过程。其中终止过程涉及聚合酶减慢速度至停止,然后从基因组上解离。但相关研究比较有限,没有明确的分子机制模型。
A new strategy for RNA structure probing in vivo: Targeting methylation small nucleolar RNPs to new sites in ribosomal RNA
Eukaryotic ribosomal RNA nucleotide RNA proteins DNA methylation
2014/12/11
Eukaryotic ribosomal RNAs (rRNAs) contain scores of 2′-O-methylated nucleotides that are formed by a large family of small RNA:protein machines called snoRNPs. The snoRNPs contain a small nucleolar RN...
The stability of T7 RNA polymerase elongation complexes and promoter function analysis by in vitro selection
Forward translocation model polymerase complex stability DNA structure
2014/12/11
The forward translocation model (paused or stalled polymerase moves forward in the absence of transcription, dissociation of the complex happens when hybrid is too short to stabilize the complex) is t...
Functional tests of structural models for abortive cycling in T7 RNA polymerase
Pure sciences Biological sciences Abortive cycling RNA polymerase Transcription
2014/12/10
Transcription initiates when the enzyme binds to the promoter region and melts open an initial transcribing bubble that extends from position -4 to +4. The initiation phase continues until the enzyme ...
用Trizol法、SDS-LiCl法、改良CTAB法分别对对叶榕(Ficus hispida)、聚果榕(Fracemosa)、高榕(F altissima)、苹果榕(Foligadon)4种榕树叶片提取总RNA.通过紫外吸光值及甲醛变性凝胶电泳检测,结果显示:Trizol法只适合于对叶榕总RNA的提取,在其余3种榕树中不能提得;SDS-LiCl法可以从除苹果榕外的其余3种榕树中提取到总RNA,但是...
从矿化的骨组织中提取骨细胞的总RNA
总RNA 骨组织 RT-PCR 基因表达
2008/9/26
描述了两个从以含大量羟基磷灰石(钙)和细胞密度、数量甚低为特点的矿化的成年骨组织(成年大鼠颅骨)提取总RNA的改进方法.紫外分光光度法(A260、A280和A230)和1%甲醛变性琼脂糖凝胶电泳予以鉴定.进而以其逆转录的cDNA为模板扩增出β-actin和BMP-2基因,均表明所得总RNA完整和模板活性俱佳.每克骨组织中总RNA产量为560 μg.
快速制备RNA小分子质量标记的新方法
锤头型核酶 自切割 体外转录 RNA分子质量标记
2008/7/10
在锤头型核酶下游增加一段核酶作用的靶序列,使之成为自切割的核酶.将自切割核酶基因合成,扩增并克隆在质粒pBluescript SK上, 经连续4次克隆获得含10个拷贝的自切割核酶基因的载体. 5%聚丙烯酰胺变性凝胶电泳结果显示:体外转录过程中多体酶发生了自切割,核酶转录物切割成从70 nt到706 nt的RNA等梯度带,因此,可以作为RNA分子质量标记之用.
小分子药靶——RNA药靶研究进展
生物信息学 RNA 小分子药物
2008/6/19
对RNA药靶的特点、研究策略和针对RNA药靶的小分子药物筛选方法,进行了综述.RNA的三级结构作为分子相互作用的识别位点和结合位点对RNA的生物功能的实现具有重要决定作用,RNA分子同蛋白质一样将成为新型小分子药物的作用靶点.
真核生物中的微小RNA及其功能研究进展
真核生物 微小RNA 结合微小RNA的核糖核蛋白复合体 RNA干扰 小干扰RNA
2008/1/30
摘要 真核生物中存在两种主要的非编码 RNA(non-coding RNA),在真核生物中发挥重要作用。一类为微小RNA(microRNA,miRNA),另一为小干扰RNA(siRNA)。miRNA大小为19~25 nt,在体内与蛋白质形成核糖核蛋白复合体(miRNP),在真核基因的表达调控,生长发育中起重要作用。siRNA在RNA干扰(RNA interference,RNAi)途径中起定位特异...