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Briefings in Bioinformatics丨杨力团队开发RNAlight工具用于多类型RNA的亚细胞定位预测研究（图）
杨力团队 RNA亚细胞 生物医学研究院 核苷酸序列
2023/4/14
RNA亚细胞定位与其生成、加工和功能密切相关（1,2），因此，解析RNA的亚细胞定位对其功能研究至关重要。利用传统的实验生物学方法，如FISH和细胞组分分离后鉴定等可以有效的发现目的RNA的亚细胞定位，但是其通量较低、且不同实验方法的特异性也会导致某些RNA无法被准确定位。近期，结合亚细胞RNA组分分离和后续高通量测序分析，大量的RNA亚细胞定位信息被报道，利用这些数据并结合机器学习和深度学习的方...
近日，由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的人类长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）数据库LncBook 2.0正式上线。该研究内容以“LncBook 2.0: integrating human long non-coding RNAs with multi-omics annotations”为题在国际学术期刊Nucle...
细胞内RNA作为指导蛋白质翻译的模板，受到了多种调控和修饰。不同的情况下，基因产生的转录本表达水平会发生改变，乃至产生不同的转录异构体，进而形成多种蛋白质亚型。在RNA转录本水平进行研究，可以更加精准地描绘癌症转录组的改变。然而，目前大部分的研究是在基因水平，而忽视了RNA转录本的多样性，尚未有研究系统性地分析大规模人源癌细胞系的转录本图谱，并揭示其调控及与抗肿瘤药物敏感性的关系。
陈玲玲团队发表环状RNA的表征、细胞作用和应用的综述（图）
调节免疫反应 核糖体 病理生理学 陈玲玲团队
2022/9/15
大多数环状 RNA 是由前体 mRNA 的外显子反向剪接产生的。最近的技术进步部分克服了它们的环状构象和序列与线性同源 mRNA 重叠的问题，从而可以更好地了解它们的细胞作用。根据它们的定位和与 DNA、RNA 和蛋白质的特定相互作用，环状 RNA 可以调节转录和剪接，调节细胞质 mRNA 的稳定性和翻译，干扰信号通路，并在不同的生物学和病理生理学环境中作为翻译的模板。 环状RNA在干扰细胞过程、...
近两年来，多项研究发现染色质中的新生RNA上含有m6A修饰，说明这些m6A修饰伴随着转录产生。真核生物的转录包括转录起始、暂停与释放、延伸和终止等多个步骤。早期的转录暂停以及暂停后命运选择（继续延伸还是降解）是高等生物基因转录的限速步骤，而m6A修饰在此过程中的研究还很少。
在真核生物中，三种结构保守的RNA聚合酶（Pol I，Pol II和Pol III）分别介导不同基因的转录，合成不同类型的RNA。其中Pol I定位在细胞核核仁中，主要转录rRNA，其转录活动可达整个胞内转录活动的60%，对于核糖体合成至关重要。临床研究证明，Pol I的突变会导致特雷彻·柯林斯综合征、面骨发育不全以及严重神经变性等疾病的发生，此外Pol I转录机制被认为是重要的抗癌治疗的药物靶点...
在真核生物中，三种结构保守的RNA聚合酶（Pol I，Pol II和 Pol IIII）分别介导不同基因的转录，合成不同类型的RNA。Pol I 定位在细胞核核仁中，主要转录rRNA；Pol II、Pol III均位于细胞核核质中，其中Pol II负责转录合成mRNA， Pol III负责转录合成tRNA、5S rRNA、U6 RNA等其他非编码小RNA。Pol III是真核生物中组成最为复杂的聚...
研究RNA可变剪接调控因子核不均一核糖核蛋白F(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F,hnRNP F) 在头颈鳞状细胞癌中的表达和功能。方法:分析TCGA数据库和Oncomine数据库头颈鳞状细胞癌中hnRNP F的表达数据。用在线cibioportal数据库分析hnRNP F表达与头颈鳞状细胞癌患者无病生存率的关系。用小干扰RNA (small in...
肝纤维化中HSC调控与基质降解的靶向RNA干扰实验研究进展
肝纤维化 肝星状细胞 基因治疗
2020/6/19
肝纤维化是各种慢性肝损伤因素引起肝组织反复发生炎症损伤，导致结缔组织异常增生的病理过程。肝纤维化过程复杂，受多种因素影响。目前认为肝星状细胞（hepatic stellate cell, HSC）是其关键因素。尽管不断有新的肝纤维化治疗方法的阐释，但至今临床仍缺乏针对肝纤维化的单一环节特效靶向药物。RNA干扰（RNA interference，RNAi）等基因生物技术的发展为该疾病的基因治疗提供了...
探讨微小RNA（microRNA， miRNA）-30c-2-3p在心肌细胞缺氧预处理心肌保护中的作用。 方法 新生SPF级大鼠心肌细胞培养72 h后，接种于6孔板中，密度为5×105个/ml，按随机数字表法分为3组（每组72个培养孔，检测各指标时每组取6孔，重复3次）：对照组（Sham组）、缺氧/复氧组（AR组）和缺氧预处理组（PAR组）。Sham组心肌细胞正常培养，AR组心肌细胞进行缺氧3 h...
血清微小RNA-150-5p水平在皮肌炎中的临床意义
皮肌炎 微小RNA-150-5p 肌炎特异性自身抗体
2020/6/19
为检测皮肌炎（dermatomyositis，DM）血清微小RNA（microRNA，miR）-150-5p的表达水平，探讨其与肌炎特异性自身抗体(myositis specific autoantibody, MSA)和不同临床表型的相关性，收集2011年3月至2016年2月在中日友好医院风湿免疫科住院治疗的DM患者血清49例，健康对照者血清30例，提取血清总RNA，采用实时荧光定量PCR检测血...
放射性肠损伤模型鼠结肠中环状RNA表达改变及其功能预测（图）
肠损伤 环状RNA 肠干细胞 放射医学研究所
2022/9/19
环状RNA是非编码RNA的一种，它在癌症、神经系统性疾病等疾病进程中发挥了重要作用，但环状RNA在放射性肠损伤中的作用鲜有报道。近期，中国医学科学院放射医学研究所辐射损伤效应研究室团队探索了环状RNA在放射性肠损伤中的作用。
目的：结节性硬化症是由于TSC1和TSC2基因突变导致累及多个器官、系统的常染色体显性遗传疾病，TSC2突变更为常见而且临床表型更为严重。为探讨结节性硬化症细胞株TSC2-/- MEFs与正常细胞株TSC2+/+ MEFs中微小RNA（microRNA，miRNA）表达谱的差异，以进一步研究相关miRNA在结节性硬化症发病机制中的作用奠定基础。方法：体外培养结节性硬化症细胞株TSC2-/- MEF...
The major function of eukaryotic small nucleolar RNAs is nucleotide modification in ribosomal RNA
Small nucleoli element RNA
2014/12/11
Small nucleolar RNAs (snoRNAs) can be divided into two large families based on conserved sequence elements. These two classes are the box C/D snoRNAs and the box H/ACA snoRNAs. At the onset of this th...