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植物环状RNA研究进展
circRNA 非编码RNA 作用机制 生物学功能
2019/3/5
环状RNA（circular RNA，circRNA）是一类经反向剪接后、由3′末端和5′末端共价结合形成的单链非编码RNA分子，广泛存在于多种生物体中，具有结构稳定、细胞或组织特异性等特征。circRNA具有多种功能，可作为miRNA“海绵”调控miRNA表达；促进来源基因转录；通过与蛋白互作参与相关途径调控等。多种植物circRNA的研究结果暗示其在生物胁迫、非生物胁迫及生长发育中发挥重要作用...
通过构建藏红花开花前2 d与开花日两个不同时期柱头的小RNA文库并进行高通量测序, 分别获得3 711 809和2 303 043条序列。借助生物信息学的方法, 共鉴定出164条保守的miRNA。其中, 随开花过程下调表达和上调表达的miRNA分别是71和46条。靶基因预测及功能富集分析显示它们可能参与了硫辛酸生物合成、细胞程序性凋亡、花粉细胞的分化、脱落酸介导的信号途径等生物过程。本文筛选的藏红...
小RNA调节植物免疫应答反应研究进展
植物小RNA RNA干扰 免疫应答 病原物侵染
2018/11/23
植物小RNA不仅参与调控植物生长发育, 而且在调节植物免疫应答方面具有重要作用。根据其起源和前体结构的不同, 可以分为微小RNA (miRNA)、小干扰RNA (siRNA)等, 其在植物体内合成方式与作用机制方面存在差异。病原物侵染会引起内源性小RNA或病原物来源的小RNA表达变化, 进而引发植物免疫应答反应并激活相应的RNA干扰路径。本文重点介绍了小RNA类型以及合成方式, 植物对病原物的免疫...
基于RNA-Seq技术苹果基因结构优化与新转录本预测
苹果 RNA-Seq 基因结构优化 新转录本预测
2018/12/13
苹果(Malus domestica)已经完成全基因组测序并公布全基因组图谱, 但是基因注释信息很不完善, 因此本试验利用RNA-Seq技术对苹果已注释基因结构进行优化和新转录本预测。以‘富士’花后15、30、45、60 d的果肉为材料提取总RNA, 构建文库并使用Illumina双末端测序HiSeq 2500平台进行测序, 获得高质量的序列(clean reads)。将得到的结果与苹果‘金冠’参...
本文以前期获得的银叶真藓在干旱-复水过程中的转录组数据为基础, 选择了9个在干旱-复水条件下基因表达差异明显的相关耐干响应基因, 并利用荧光定量PCR技术研究其在干旱-复水、ABA诱导胁迫及盐胁迫下的表达模式。研究结果表明, RT-qPCR实验获得的9个基因在干旱-复水下的表达趋势与RNA-Seq基因表达谱中基因表达规律基本一致, 因此较好地验证了RNA-Seq数据的可靠性。在干旱-复水过程中, ...
棉花叶绿体基因RNA编辑位点的测定及分析
叶绿体 顺式作用元件 棉花 RNA编辑
2011/11/1
陆生植物叶绿体RNA编辑是转录后基因表达调控的一种重要方式。该文在预测棉花(Gossypium hirsutum)叶绿体基因RNA编辑位点的基础上, 选取中棉10 (CRRI 10)为实验材料, 采用PCR、RT-PCR及测序等方法, 确定CRRI 10的27个叶绿体蛋白编码基因共有55个编辑位点, 均是C→U的转换。与棉种柯字310(C310)的编辑位点比对后发现, CRRI 10多出accD-...
RNA编辑是一种转录后修饰加工过程, 通过碱基的插入、缺失或替换可改变氨基酸的种类, 增加蛋白质的疏水性和同源蛋白在不同物种间的保守性。该文通过DNA与cDNA序列的比对, 分析了裸子植物银杏(Ginkgo biloba)叶绿体功能基因ndhF的编辑现象, 该基因共含有21个编辑位点, 且这21个位点均为部分编辑。生物信息学分析及与其它物种比对结果表明, ndhF C290位编辑可能会影响该蛋白的...
紫稻（Oryza sativa L. ）线粒体ATP酶atp9基因转录本RNA编辑。
一种从苏铁叶片中有效提取RNA 的方法
苏铁 硼砂 RNA 提取
2009/5/22
由于苏铁( Cycas revoluta) 叶片中含有大量的多糖多酚等次生代谢物, 常规RNA 提取方法很难获得优质的RNA。在常规的CTAB 法中加入了硼砂和β- 巯基乙醇来消除多酚和多糖的干扰, 得到了一个从苏铁叶片中有效提取RNA 的方法, 每克鲜叶片可获得约930μg RNA。A260 280 和A260 230 的纳米波长的吸收比值都约为2 , 表明RNA 的质量较好。获得的RNA 可用...
以欧亚种酿酒葡萄品种赤霞珠(Vitis viniferaL.cv.Cabernet Sauvignon)的胚性愈伤组织(EC)和非胚性愈伤组织(NEC)为材料,进行了总RNA不同提取方法的比较.结果表明葡萄EC和NEC的总RNA的最佳提取方法是RNAplant试剂法.通过此方法提取的总RNA完整性好,28S和18S条带清晰,且OD260/280nm值都在1.8～2.0之间.以此RNA为模板,对ac...
莲藕组织富含多糖、脂质、酚类等物质,用一般的方法较难提取高质量的RNA.在改进前人方法的基础上,建立了一种高效、简单的CTAB-LiCl提取法,能快速提取高质量的莲藕组织总RNA,并且产率高、完整性好、纯度高,能进一步满足RT-PCR等分子生物学实验的需要.此外,该方法也适用于其它富含多糖、脂质、酚类等物质的植物组织总RNA的提取.
植物RNA沉默机制的研究进展
RNA沉默 转录后基因沉默 RNA指导的RNA聚合酶 小干扰RNA miRNA
2008/1/29
摘要RNA沉默是真核生物中普遍存在的抵抗病毒复制表达、抑制转座子转座及调控基因表达的监控机制。植物中的RNA沉默（转录水平的基因沉默 PTGS）在RdRP的作用、transitive RNAi的双向延伸、沉默效应的系统性传播等方面与动物中有所不同，且植物中的内源性miRNA在数量和种类上也更具多样性。本文就以上方面及RNA沉默在植物中的应用进行了综述。