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北京基因组所（国家生物信息中心）马利娜副研究员等应邀在国际权威综述期刊Nature Reviews Molecular Cell Biology发表长非编码RNA数据库评述文章
马利娜 非编码RNA数据 蛋白编码
2023/7/6
202年5月23日，中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)马利娜副研究员应Nature Reviews Molecular Cell Biology 邀请，联合章张研究员，发表题为“The contribution of databases towards understanding the universe of long non-coding RNAs”的评述，系统总结了长非编码RNA...
中国科学院北京生命科学研究院建立单细胞环形RNA分析技术及表达图谱（图）
单细胞 环形RNA 分析技术 表达图谱
2022/9/14
环形RNA是一类在真核细胞中广泛存在的内源性非编码RNA分子，在生物体发育过程中发挥重要作用。之前研究已在不同物种中鉴定出数百万个环形RNA分子，并产生了大量用于揭示生物体组织表达模式的环形RNA数据资源。然而，由于大多数环形RNA表达量较低，传统的转录组测序方法无法表征单个细胞环形RNA表达谱系特征及异质性。近年来，随着单细胞全长转录组测序技术的发展，已可对单个细胞中环形RNA进行捕获测定。尽管...
中国科学院分子细胞科学卓越创新中心发表关于环形RNA的综述文章（图）
环形RNA 综述 非编码RNA 生物医学
2022/9/20
2022年5月17日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲团队在Cell上，在线发表了题为Circular RNAs: characterization, cellular roles and applications的综述论文。该论文系统梳理了针对环形RNA研究的生物学技术手段，总结了其以非编码RNA形式参与调控细胞内基因表达和通过编码功能性小肽调控相关生物学过程的最新研究成果，并展望了环形...
黄胜林课题组《Advanced Science》和《Nucleic Acids Research》揭示环形RNA癌症特异表达和作用并构建RNA剪接位点数据库（图）
环形RNA 癌症 肽 生物学
2023/4/17
RNA 剪接（RNA splicing）是真核生物 RNA 转录后加工的必要环节，是导致转录组多样性和复杂性的关键步骤。不同的 RNA 剪接方式可产生不同类型的剪接位点，包括线性剪接位点、反式剪接位点（环形RNA）和融合位点（融合基因）。因此，一个基因往往可产生多种形式的转录本，阐明转录本的具体信息，是了解基因结构和功能机制的重要基础。其中，环形RNA是一类具有特殊环状结构的RNA分子。目前研究表...
探讨长链非编码RNA PCGEM1，Lnc RNA PCGEM1）通过TGFβ2/ Smad2信号传递食管癌（食道癌）细胞侵袭和转移。方法：收集62种EC患者癌组织及正常的癌旁组织，qRT-PCR检测Lnc RNA PCGEM1在EC及相应的癌旁组织，不同细胞中的表达情况；建立Lnc RNA PCGEM1沉默细胞系，细胞分为Eca-109-siPCGEM1组，阴性对照Eca-109-siNC组，并...
RNA干扰abcg-5基因对犬弓首蛔虫感染性的影响
犬弓首蛔虫 abcg-5基因 RNA干扰
2019/3/9
为研究犬弓首蛔虫（Toxocara canis，T.canis）腺苷三磷酸结合盒G5基因（ATP-binding cassette G5，abcg-5）的功能，通过体外合成Tc-abcg-5基因的特异性siRNA，利用RNAi技术对T.canis的成虫和虫卵进行干扰。结果显示，干扰24、48 h后siRNA-744组Tc-abcg-5的相对表达量比siRNA-1020组和siRNA-432组显著性...
长链非编码RNA在甲状腺乳头状癌中的研究进展
长链非编码RNA 甲状腺乳头状癌 PTCSC3 BANCR
2020/8/11
长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸且不能编码蛋白质的RNA，但其在各个层面参与基因调控。近年来很多研究发现，lncRNA与人类多种恶性肿瘤的发生具有相关性，而且已有许多研究发现lncRNA在甲状腺癌的发生发展中起重要作用。现对lncRNA的研究现状及其在甲状腺乳头状癌(papillary thyroid cancer，PTC)中的研究...
Mechanisms of recruitment of the CTD phosphatase Rtr1 to RNA polymerase II
Rtr1 RNA polymerase II transcription
2015/5/25
The C-terminal domain (CTD) of the RNA polymerase II (RNAPII) subunit Rpb1 must exist in a hypophosphorylated state prior to forming a competent transcription initiation complex. However, during trans...
The role of the CTD phosphatase Rrt1 and post-translational modifications in regulation of RNA polymerase II
CTD phosphatase Rtr1 MuDPIT AP-MS
2015/5/25
RNA polymerase II (RNAPII) is regulated by multiple modifications to the C-terminal domain (CTD) of the largest subunit, Rpb1. This study has focused on the relationship between hyperphosphorylation o...
比较核糖体小亚基RNA（small subunit ribosomal RNA，SSUrRNA）和细胞色素氧化酶亚单位Ⅱ（cytochrome oxidaseⅡ，COXⅡ）这2种分子标志在中国利什曼原虫系统发育学分析中的不同。 方法 提取利什曼原虫各虫株核基因组和线粒体基因组，PCR方法扩增中国不同地区利什曼原虫SSUrRNA和COXⅡ基因，扩增产物送上海生工生物工程技术服务有限公司测序，序列碱基...
第二代测序技术又称作深度测序技术，应用到RNA上统称作RNA-seq或RNA测序，它已成为基因表达和转录组分析的重要手段。第二代转录组测序数据中含有大量不编码蛋白质的ncRNA序列，因为它们像宇宙中的暗物质一样难以识别和有重要功能，也被称为“基因组暗物质”。由于数据量巨大，保守性差，又有噪音干扰，这些“暗物质”的识别成为表观遗传学和调控网络研究的瓶颈。piRNA是数量最大的一类ncRNA，主要是通...
为探索细菌表达目标基因dsRNA介导的RNAi技术是否在家蚕Bombyx mori可行, 本研究引入了在其他物种中广泛应用的细菌表达dsRNA的RNAi系统: HT115细菌株和L4440质粒。利用L4440载体两端含有T7启动子的特点, 设计并构建了针对家蚕核受体FTZ-F1基因的RNA干扰（RNA interference）载体, 将构建好的质粒转入大肠杆菌Escherichia coli H...
RNA干涉的原理与应用
RNAi 双链RNA 基因表达沉寂
2009/11/25
介绍了RNA干扰(RNA interference，RNAi)的机理，阐述了RNAi的生物学意义，并具体论述了RNAi的作用，指出RNAi已经成为一种研究基因功能的有力工具，并且有希望在对疾病的防御及治疗中发挥重要的作用。
NS5B与HCV负链RNA 3′末端特异性结合的分析
丙型肝炎病毒(HCV) NS5B 复制体
2008/10/24
NS5B是RNA依赖性RNA聚合酶，在病毒RNA合成过程中起到中心催化酶的作用.在大肠杆菌中表达和提纯了GST-NS5B融合蛋白，应用紫外交联试验（UV cross-linking）检测NS5B与丙型肝炎病毒(HCV)负链RNA 3′末端的结合，确定NS5B是否参与HCV负链RNA 3′末端复制体的形成.NS5B可与HCV负链RNA 3′末端发生结合，这种结合存在量效关系，比与正链RNA 3′UT...