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水生动物传染病监测基因芯片的开发和研究
基因芯片 水生动物 传染病 检测
2008/11/13
该完成病原微生物靶基因的测序及序列收集、检测探针设计、寡核苷酸阵列构建及实际验证，芯片检测过程各步骤实验条件均达到最优化，包括病源菌的靶基因抽提、PCR扩增、杂交、显色方法、杂交结果的数据收集和分析方法。已经将芯片检测流程标准化，并获得实际应用效果。大大缩短了水生动物检验检疫的时间，能在1～2个工作日完成检验。在样品感染均匀的情况下，能够明确鉴别到种的水平。
细菌分类分型基因芯片的研制
基因芯片 细菌 分类 分型
2008/11/13
为将多重PCR扩增的高效性与核酸杂交的高特异性有效的结合起来，应用Oligo芯片技术解决了PCR-斑点杂交检测通量低以及多重PCR后继分析困难的问题。对常见病原菌的看家基因进行平行性标记扩增，选择扩增区域内被检细菌的基因特异性区域设计特异性探针，制成含10余个待检细菌、近30个基因探针（不含质控对照）、每个探针有2～4个平行位点的寡核苷酸微阵列。在该阵列上进行多重PCR标记产物与多条探针的...
表达谱基因芯片具有高通量、缩微、多参数、平行化等优点.在功能基因组学研究中正发挥越来越重要的作用.就其原理、应用、存在问题及解决策略等进行了综述.
蛋白质点阵/芯片技术的新进展
蛋白质点阵 芯片 蛋白质组 质谱
2008/9/11
蛋白质点阵/芯片技术是分子生物学技术的重要进展，在功能蛋白质组研究方面具有广阔的潜在应用价值.目前发展起来的印迹蛋白微阵列、分子扫描技术和传感器生物芯片质谱，将应用于药靶检测、疾病诊断、蛋白质结构鉴定和/或蛋白质之间的相互作用分析等方面，具有分析速度快、效率高、样品消耗少等特点，将成为生命科学与医学领域新的研究工具.
应用cDNA芯片分析79个新基因的人胚组织表达谱
cDNA芯片 新基因 表达序列标签（EST） 差异表达RNA分析
2008/6/12
大规模cDNA测序和生物信息学技术相结合，得到来自于商品化的人胚肾cDNA文库79个代表新基因的表达序列标签(EST).随后，采用高速度机械手制备这些cDNA的基因芯片，用于鉴定79个新基因的ESTs在20周、26周两个胚胎时期6种组织中的基因表达状况，以研究这些EST片段代表的新基因功能提供线索.通过芯片杂交及结果分析，得到同一个组织两个不同时相8个差异表达的基因，随后的RNA印迹分析的...
基于遗传算法的基因芯片图像网格定位
遗传算法(Genetic Algorithm) 变形模板匹配(Deformable template matching) 基因芯片(Genetic chip)
2008/5/21
对基因芯片荧光图像进行网格定位是进行芯片分析的前提与关键。利用变形模板匹配方法,基因芯片的自动网格定位问题转化为优化问题,从而用遗传算法求解。遗传算法是一种模拟自然界进化过程的启发式优化算法,具有高效及可收敛到全局最优点的特点。实验证明该方法具有良好的准确性与可靠性。
生物信息学在基因芯片中的应用
东南大学分子与生物分子电子学实验室
2008/5/16
押生物信息学和基因芯片是生命科学研究领域中的两种新方法和新技术,生物信息学与基因芯片密切相关,生物信息学促进了基因芯片的研究与应用,而基因芯片则丰富了生物信息学的研究内容。本论文探讨生物信息学在基因芯片中的应用,将生物信息学方法运用到高密度基因芯片设计和芯片实验数据管理及分析。从信息学的角度提出基因芯片设计准则,提出寡核苷酸探针的优化设计方法,将该方法运用于再测序型芯片和基因表达型芯片的设计,在此...
SELDI蛋白质芯片技术在蛋白质组学中的应用
蛋白质组学 SELDI蛋白质芯片技术
2008/5/9
本文介绍了SELDI(Suface-enhanced Laser Desorption/Ionization)蛋白质芯片技术的工作原理,讨论了不同类型的蛋白质芯片在蛋白质组学中的应用。
Jurkat细胞凋亡的实时电旋转芯片检测
细胞凋亡(cell apoptosis) 电旋转芯片(electrorotation chip) 膜电容(membrane capacitance)
2008/3/5
细胞凋亡是当今生物学中最受关注的领域之一。当前细胞凋亡的检测方法一般都需要对细胞进行化学处理，不能实现对凋亡的实时监测。为了研究细胞凋亡过程中细胞膜电容的变化规律，我们采用电旋转芯片测量凋亡细胞的电旋转频谱，进而推算出细胞的膜电容。结果显示，随着时间的增加，凋亡细胞的膜电容逐渐减小。在此基础上提出一种用电旋转芯片测定细胞膜电容的方法来检测细胞凋亡。该方法无需对细胞进行化学处理，便可以实现对细胞凋...
dsDNA芯片的DNA结合蛋白质计算机模拟系统
dsDNA芯片(dsDNA microarray) DNA结合蛋白质(DNA binding protein) 探针设计(Probe design) 计算机模拟(Computer simulation) 生物信息学(Bioinformatics)
2008/3/5
dsDNA芯片（double-stranded DNA microarray）是用于DNA结合蛋白质表达研究的新技术，应用一种新的dsDNA芯片制作方法，研究了dsDNA探针设计，开发了相应的计算机模拟系统———DBP软件。可实现芯片上dsDNA探针的选取以及DNA结合蛋白质检测的实验过程模拟，功能包括模拟酶切、模拟电泳、模拟杂交等实验环节。DBP系统包括了可以不断完善的DNA结合蛋白质数据库。对...
用基因表达谱芯片研究人正常肝和肝细胞癌中差异表达的基因
基因 基因芯片 表达谱 肝细胞癌
2008/2/8
摘要以基因表达谱芯片对人正常肝及肝癌组织基因表达的差异性进行了研究比较。将4096条人cDNA用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片;利用肝和肝癌组织的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5 2种荧光分别标记到两种组织的cDNA上,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片进行杂交及扫描,重复4次实验,通过计算机数据处理判定基因是否在上述2种组织中有表达差异,筛选出差异表达的基因共903条。基因芯片技术...
摘要多重可扩增探针杂交技术(multiplex amplifiable probe hybridization,MAPH)是近年来发展起来的一种用于基因组中DNA拷贝数检测的新技术。并发展了一种基于寡核苷酸微阵列芯片的MAPH技术。 该方法根据所检测的DNA序列，制备若干具有通用引物的PCR产物作为可扩增探针组，与固定在尼龙膜上待测的基因组DNA杂交。用磁珠回收特异性杂交的探针，经生物素标记的通用...
摘要此前发现Smad3基因敲除小鼠（Smad3ex8/ex8）的关节软骨细胞异常肥大分化，出现类似于人类骨关节炎的表型。为了进一步明确转化生长因子-b（TGF-b）/Smad3信号通过调节哪些靶基因的表达来抑制关节软骨细胞的肥大分化，以及研究骨关节炎发病的分子机制，利用寡核苷酸芯片技术分析了5日龄Smad3基因敲除小鼠与野生型对照小鼠关节软骨细胞基因表达谱的改变。通过对差异表达基因的分析，发现在S...
摘要 利用寡核苷酸芯片检测方法分析CYP1A1单核苷酸多态性（SNP）和GSTM1缺失与否，实验结果证明了寡核苷酸芯片技术可并行、准确、高效地检测基因的单核苷酸多态性和其他类型的基因多态型，可为疾病遗传易感性及单体型的研究提供强有力的研究工具。采用该寡核苷酸芯片，检测了84份正常人的血液DNA样本，其中GSTM1基因缺失率达到47.6%，接近报道数值。统计分析发现CYP1A1 m1-m2的3种基...