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越橘属植物EST-SSR分子标记开发及遗传多样性分析
越橘 分子标记 EST-SSR 遗传多样性
2018/11/23
以84份越橘种质为材料, 从NCBI公共数据库下载22 402条越橘属(Vaccinium) EST序列, 通过CAP3组装软件将EST序列拼接成11 541条unigene序列, 其中2 076条unigene序列含有2 679个SSR位点。二核苷酸和三核苷酸重复是主要的SSR类型, 约占SSR总数的96.01%。利用Primer Premier 5.0软件设计81对引物, 其中55对引物在供试...
通过转录组测序技术鉴别普通油茶(Camellia oleifera) EST-SSR位点, 开发筛选适用于普通油茶种质资源评价与利用的多态性SSR标记, 对普通油茶的遗传变异研究和油茶良种的分子标记辅助育种具有重要意义。利用 MISA 工具从普通油茶转录组67 434条Unigenes (63.39 MB)中筛选得到26 751个包含1~6个核苷酸重复类型的SSR位点, SSR的分布频率为39.6...
西花蓟马Frankliniella occidentalis是一种世界性入侵昆虫， 近年来传入我国并不断扩散蔓延。基于简单重复序列（simple sequence repeats， SSRs）的西花蓟马种群遗传结构研究对于揭示其传播途径等具有重要的指导价值。本研究对来源于西花蓟马的13 839条EST序列进行了uni-EST组装、 EST-SSR信息分析以及标记筛选， 并比较了EST-SSR与Ge...
天蓝苜蓿(Medicago lupulina)隶属于苜蓿属, 是一年生或越年生、广布的草本植物。通常认为它是自交种, 但也有些研究报道它具有异交或者混合交配的繁育系统。为了了解它的居群遗传变异、基因流、繁育方式及其遗传背景, 我们用9个EST-SSR标记分析了中国新疆、内蒙古、甘肃、北京、山西、陕西、湖北7个省区的17个天蓝苜蓿野生居群。结果表明: (1) EST-SSR的多态位点百分率(PPL)...
Multiple banding pattern，a potential problem of cross—species microsatellite amplilification，happened when EST-SSR
primers of Porphyra yezoensis were used in microsatellite amplification for several ...
柑橘EST-SSR分子标记分析
柑橘 EST 微卫星 SSR
2008/2/8
摘要对来源于甜橙（CitrussinensisOsbeck）、枳壳(PoncirustrifoliataRaf.)和其他柑橘非冗余EST数据库的38124条单一基因（Unigene）序列进行了简单重复序列SSRs(SimpleSequenceRepeat)搜索，所分析的柑橘非冗余核酸序列总长23.29Mb，从中获得了8218条SSR，其中包括单碱基重复4913条（59.8%）,2碱基重复1419条...
摘要采用Genomic-SSR和EST-SSR标记技术，对来自我国北方冬麦区的18份普通小麦品种（系）的遗传多样性进行了探讨，并与系谱遗传距离进行了比较分析。研究发现，平均每个Genomic-SSR检测到的等位基因数为3.34个，明显高于EST-SSR的2.31个。遗传距离（GD）计算结果显示，18个小麦基因型之间的EST-SSR平均遗传距离较小，仅为0.3996，低于Genomic-SSR的GD...