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科学家绘制成人乳腺组织单细胞和空间基因组图谱
成人 乳腺组织 单细胞 空间基因组图谱
2024/1/16
成年人类乳腺组织主要由错综复杂的上皮导管和小叶组成，它们被嵌入在结缔组织和脂肪组织中。过去研究大多集中在上皮组织，非上皮细胞仍未得到充分研究。美国德克萨斯大学安德森癌症中心研究团队绘制成年人类乳腺细胞图谱。该研究成果于近日发表在《Nature》杂志上，题为：A spatially resolved single-cell genomic atlas of the adult human breas...
我国科学家绘制出人类胚胎器官发生时期单细胞图谱
人类胚胎 器官发生 单细胞图谱
2024/1/17
中国海洋大学等研究团队合作绘制了人类胚胎早期器官发生的单细胞转录组图谱。该研究成果于近日发表在《Nature Cell Biology》杂志上，题为：A single-cell transcriptome atlas profiles early organogenesis in human embryos。
科学家将人类胚胎发育的前60天划分为23个发育时期，即卡内基分期（Carnegie stage，CS1-CS23）。目前，人类CS1-CS7胚胎发育事件已被多个团队解析，而人类CS7后的早期器官发生时期的胚胎难以获得，此阶段的研究仍为空白。非人灵长类动物与人类在进化上关系密切，经常被用作研究人类早期胚胎发育的动物模型。中国科学院动物研究所等研究人员绘制了非人灵长类动物原肠运动与早期器官发生的单细胞...
基于单细胞转录组测序图谱的肿瘤病灶溯源（图）
单细胞 转录组 测序图谱 肿瘤
2023/6/20
杨朝勇教授课题组与合作者发展了基于单细胞转录组测序图谱与深度迁移学习的循环肿瘤细胞组织溯源新方法, 相关成果以“Deep transfer learning enables lesion tracing of circulating tumor cells”为题发表于《自然-通讯》（Nature Communications, 2022, 13, 7687）。
中国科学院昆明动物研究所等构建文昌鱼胚胎单细胞水平的细胞分化谱系（图）
文昌鱼 胚胎单细胞 细胞分化谱系
2022/9/13
一个受精卵是如何从单细胞发育、分化为大量不同类型的细胞、组织和器官，最终构成一个完整的生命体的，一直是发育生物学的基本问题和研究目标。得益于近年来单细胞测序技术和计算生物学的发展，以“DNA条形码”为代表的谱系示踪技术取得了长足发展，例如，发育生物学研究利用该技术明确了包括小鼠、斑马鱼、非洲爪蛙以及海鞘等多种生物的细胞发育谱系。文昌鱼是介于无脊椎动物和脊椎动物之间的过渡型动物，是最原始的脊索动物（...
单细胞谱系示踪领域研究新进展（图）
单细胞 谱系示踪 LINEAGE 低交叉熵
2023/6/25
近日，厦门大学化学化工学院杨朝勇教授课题组在单细胞谱系示踪领域取得新进展，相关成果以" LINEAGE：Label Free Identification of Endogenous Informative Single Cell Mitochondrial RNA Mutation for Lineage Analysis"为题，发表于Proceedings of the National Ac...
单细胞转录组测序目前已成为生物学研究中的核心技术手段，其能够帮助研究人员获得组织样品中单细胞水平的基因表达信息。然而，传统的单细胞测序流程需要先将组织消化为单细胞悬液，这一过程会造成细胞空间位置信息的丢失。已有的空间分辨单细胞转录组原位测序技术往往受限于低空间分辨率、低通量和高背景等问题。近日，北京大学化学与分子工程学院陈兴课题组、黄岩谊课题组与北京大学第一医院杨莉课题组合作开发了一种全新的空间分...
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库（CancerSCEM）正式上线。该研究成果以“CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers”为题在国际学术期刊Nucleic Acid Research 在线发表。
科学家绘制水稻幼苗根叶单细胞转录图谱（图）
科学家 绘制水稻幼苗 根叶单细胞 转录图谱
2021/6/28
中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组应用单细胞转录组测序技术，获得了水稻幼苗叶和根超过20万个单细胞的转录组信息，利用细胞类型标记基因和原位杂交技术，对每个细胞的身份进行了鉴定，构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录图谱。相关结果近日发表于《遗传学和基因组学期刊》。