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毛蕊花属（Verbascum），也称作 "Mullein"，包括大约360种，广泛分布于欧洲、非洲和亚洲的温带地区。毛蕊花属的分类界限和系统位置在植物学研究者之间一直存在一定的争议。目前该属经常有新类群被描述，对毛蕊花属的研究仍不充分。
中国科学院武汉植物园在兰科广义虾脊兰属（Calanthe s.l.）植物完整质体基因组、比较基因组学和系统发育分析研究上取得进展（图）
兰科广义 虾脊兰属 植物完整质体基因 系统发育
2022/10/26
虾脊兰属（Calanthe）是兰科（Orchidaceae）树兰亚科（Epidendroideae）中最大的泛热带属，分布于亚洲、非洲、澳大利亚、马达加斯加、中南美洲和加勒比海地区。虾脊兰属（Calanthe R. Br.）、黄兰属（Cephalantheropsis Guillaumin）和鹤顶兰属（Phaius Lour）三者近缘，组成树兰亚科下一单系类群，但其内部的分类问题混乱，尤其是在虾脊...
华中农业大学郑波教授课题组开发蛋白家族系统发育分析新方法
郑波 蛋白家族 发育分析
2022/11/26
2022年7月20日，华中农业大学园艺植物生物学教育部重点实验室郑波教授课题组在Briefings in Bioinformatics在线发表了题为“CProtMEDIAS: clustering of amino acid sequences encoded by gene families by MErging and DIgitizing Aligned Sequences”的研究论文。该论...
【目的】明确肉食亚目(Adephaga)水生类群线粒体基因组的基本特征，并基于线粒体基因组序列分析肉食亚目水生类群的系统发育关系。【方法】基于Illumina HiSeq X Ten测序技术测定了圆鞘隐盾豉甲Dineutus mellyi和齿缘龙虱Eretes sticticus的线粒体全基因组序列，对其进行了基因注释，并对其tRNA基因二级结构进行了预测分析。加上已公布的鞘翅目(Coleopte...
近日，中国科学院水生生物研究所领衔开发的系统发育分析平台PhyloSuite的相关论文“PhyloSuite: an integrated and scalable desktop platform for streamlined molecular sequence data management and evolutionary phylogenetics studies”在分子与演化生态学综...
银杏MADS-box基因家族的表达及系统发育分析
银杏 MADS-box基因家族 开花调控 花器官发育
2018/11/27
MADS-box基因是真核生物中一类编码转录调控因子的基因家族, 在植物花器官发育中发挥重要的调控作用。为了探究MADS-box家族基因在银杏花发育中的功能, 本文对银杏花芽分化4个时期的样品进行转录组测序, 筛选其中的MADS-box家族基因, 利用生物信息学方法对筛选到的基因进行表达模式、蛋白结构、细胞定位和系统进化分析。结果显示: 共得到15个银杏MADS-box家族基因。表达分析表明, 目...
【目的】分析黑毛皮蠹Attagenus unicolor japonicus的线粒体基因组结构及皮蠹科的系统发育。【方法】本研究利用下一代测序方法测定了黑毛皮蠹的近完全线粒体基因组序列，并基于39种昆虫的cox1基因序列，通过最大似然法和贝叶斯法构建了皮蠹科的系统发育树。【结果】黑毛皮蠹线粒体基因组包含37个基因（2个rRNA基因，22个tRNA基因，13个蛋白质编码基因）和一段不完全的控制区，总...
【目的】本研究应用DNA条形码技术对青海省部分蚤种进行鉴定，旨在弥补蚤类传统形态分类方法的不足。【方法】通过PCR扩增3总科6科22属44种共182头蚤类标本的线粒体COI基因片段(约600 bp)并进行测序和比对；用K2P模型计算种内及种间遗传距离；以邻接法（neighbor-joining, NJ）构建系统发育树。【结果】共测得182条COI基因序列片段（GenBank登录号: MG13815...
【目的】蚜虫是杂食性农业害虫。本研究旨在通过线粒体基因组分析更好地了解蚜科昆虫的系统发育关系。【方法】结合第二代测序和PCR扩增技术获得了烟蚜Myzus persicae线粒体基因组全序列，与蚜科其他昆虫进行了对比分析；以贝叶斯法和最大似然法基于13个蛋白编码基因对蚜科进行了系统发育分析。【结果】烟蚜线粒体基因组（GenBank登录号： KU_236024）序列全长17 832 bp，A+T含量8...
中国科学院昆明植物研究所揭示缺失数据对系统发育分析的影响（图）
缺失数据 系统发育分析 基因片段
2014/8/29
在系统发育分析时缺失数据普遍存在于很多数据矩阵中，其对系统发育关系准确性的影响研究是长期以来备受关注的难题。对数据分析通常应该包括尽可能多的基因片段，同时使整个矩阵中的缺失数据最少。但是，到目前为止，通过增加包含缺失数据基因片段后对系统发育关系准确性的影响的研究较为匮缺，尤其是利用似然法对多基因片段联合矩阵而构建的系统发育关系的分析。
随着生物技术的不断发展和系统发育学的深入研究，在重构系统发育树时， 研究人员往往要面对更多的挑战和困难，比如：(1)需要分析的样本数（物种数或个体数）不断增加；2)需要分析的数据量迅速扩大。尤其在基因组测序技术的推动下，基于分子信息的系统发育重建需要极大的计算量， 因此数学方法、 计算机技术以及其他辅助工具对于系统发育重建的效率和精确度起着至关重要的作用。最大简约法（maximum parsimo...
血卵涡鞭虫是一类寄生性的原生动物, 是近年来引起三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)、“牛奶病”及锯缘青蟹(Scylla serrata)“黄水病”的一种主要病原, 该虫对宿主感染时间长, 流行范围广、发病率、死亡率较高, 危害严重, 给梭子蟹和青蟹的养殖业造成了巨大的经济损失。近年来国内已对该寄生虫病原的生活史、形态学特征、感染途径、诊断及防治技术等方面进行了一些初步研...
Wolbachia是一类在节肢动物中广泛感染的胞内共生菌。为了了解其在我国蚜虫中的感染情况， 本研究通过扩增wsp基因片段对采集自我国多个地区的3种小麦蚜虫（荻草谷网蚜Sitobion miscanthi、 麦二叉蚜Schizaphis graminum和禾谷缢管蚜Rhopalosiphum padi）和1种大豆蚜虫（大豆蚜Aphis glycines）样品进行了内共生菌Wolbachia的感染检...
铃木氏果蝇Drosophila suzukii是原产于东南亚地区的重要果树害虫， 近年来传入北美和欧洲等地区造成严重的危害。本研究利用Wolbachia的16S rDNA和wsp基因特异引物（分别为16S-F/16S-R和81F/691R）对铃木氏果蝇7个地理种群（中国的5个种群、 韩国的1个种群和美国的1个种群）的Wolbachia进行了PCR检测并对检测结果进行了比较； 对感染个体体内Wolb...