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在离子溶液水分子动力学研究中取得进展
离子溶液 水分子动力学
2016/12/7
溶液中的离子与溶剂的相互作用是一个在能源、催化、材料、医药等许多国民经济重要领域受到广泛关注的基本科学问题。例如，新近出现的水基碱金属离子电池使用高浓度的离子水溶液作为电解液，与常规离子蓄电池相比，更加安全，价格更低廉，效率更高。深刻理解溶液中离子与周围水分子之间的相互作用和关联，对深刻理解电池中电极界面电化学和电荷输运效率的分子机制，并进而设计更为高效的电池，具有至关重要的指导意义。又如在许多均...
细胞穿透肽在体内缺乏细胞和组织专一性，使得这类载体的临床应用受到很多限制. 成功设计各类疾病特异性靶向穿透肽的关键是充分认识这类多肽的跨膜分子机制. 分子动力学模拟已逐渐成为开展该领域研究不可或缺的重要工具，与实验研究相互促进，对特异性靶向穿透肽的设计具有重要的指导作用. 目前，利用分子动力学模拟主要开展的研究内容包括跨膜过程、跨膜自由能变化、多肽序列结构特征以及不同细胞膜组成如何影响其跨膜机制等...
分子动力学模拟与分子生物力学
分子动力学模拟 分子生物力学 微观结构动力学 结构-功能关系
2012/3/15
生物大分子的微观结构动力学决定其生物学功能,其力学-化学耦合规律是分子生物力学的重点关注方向。分子动力学模拟是耦合生物大分子力学-化学性质微观结构动力学基础的有效手段,其结果可用于预测结构-功能关系、指导实验设计和诠释实验结果。本文简要介绍了分子动力学模拟的方法学特点、基本工作原理及其在分子生物力学中的应用,并展望了未来可能的发展方向和应用前景。
FKBP12 (FK506-binding protein-12)是一种具有神经保护和促神经再生作用的蛋白. 采用分子动力学模拟取样, 运用MM-GBSA方法计算了FKBP12和3个抑制剂(GPI-1046, 308和107)的绝对结合自由能, GPI-1046的结合能最小, 308小于107的结合能. 通过能量分解的方法考察了FKBP12蛋白的主要残基与抑制剂之间的相互作用和识别, 计算结果表明...
细胞色素酶P450是人体内重要的药物代谢酶. 通常, 这类酶在其结构中都含有一个亚铁血红色分子, 并且负责代谢超过90%的已知药物分子. 细胞色素酶2D6是这类酶中的重要一员, 它负责代谢大约20%~30%的已知药物分子. 利用分子对接和分子动力学模拟的方法, 研究了细胞色素酶2D6的结构特征以及其与药物分子之间的相互作用. 并且发现, 细胞色素酶2D6活性位点中的Glu216, Asp301, ...
p53蛋白质Gly249和Ser249替换型三维结构的分子动力学研究
p53蛋白质 分子动力学 R249残基替换
2008/10/16
利用p53蛋白质核心区晶体结构作分子动力学发现，除了生化方面的稳定性之外，该区还具有分子力学上的高度稳定性.在此基础上作的R249残基替换分子动力学研究显示，p53蛋白质核心区249位点精氨酸被其他残基替换后能引起p53蛋白质核心区L2、L3结构域间的密切联系趋于松散，正常的空间构象发生改变并使整个核心区结构稳定性受到破坏.这一研究从三维结构变化上，直观地解释了R249残基替换造成的p53...
压强温度耦合作用下小蛋白去折叠过程的分子动力学模拟
分子动力学 去折叠 小蛋白 温度耦合
2008/5/14
在不同温度（280~540K）和压强（1×102~8×105 kPa）的耦合作用下，对GB1（the B1 domain of protein G）进行了56次独立分子动力学模拟，模拟时间达88.8 ns。在此基础上，研究了压强和温度对GB1去折叠过程的耦合效应。结果表明，压强对温度去折叠过程有明显影响，改变了蛋白质二级结构去折叠速度和蛋白质去折叠过程发生事件的先后次序。相同温度下，GB1的α-螺...
ZNC(C)PR的构象及分子动力学模拟
ZNC(C)PR 分子动力学 构象
2007/12/20
摘要 本文用分子动力学方法和质子间距约束结合建立了ZNC(C)PR的构象。质子间距是由二维核磁共振的NOE效应得到的。结果表明ZNC(C)PR分子的主链是伸展的,但Asn2的侧链与Arg5的侧链相互靠近,使整个分子成紧密结构。在所建模型的基础上,对ZNC(C)PR进行了分子动力学摸拟。发现第一位的焦谷氨酸环很灵活,这可能意味着焦谷氨酸环对ZNC(C)PR的活性并不重要,这与实验结果是一致的。
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