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2009年11月25日，《美国人类遗传学》杂志（AJHG）在线发表了中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所金力课题组的最新研究成果“Genomic Dissection of Population Substructure of Han Chinese and Its Implication in Association Studies”。这项研究主要由该课题组的徐书华副研究员与复旦大学教育部现...
Myostatin三维结构模建及分子进化分析
肌肉生长抑制素基因 分子进化 同源模建
2009/7/2
Myostatin(MST)为肌肉生长负调节因子，其功能受抑制可导致肌肉量增加。对MST核酸序列进行序列比对，构建进化树；采用同源模建方法首次模建MST成熟肽生物活性二聚体的四级结构，并预测MST与其受体ActRIIB的相互作用模式。进化树将肌肉生长抑制素基因（MSTN）分成4个亚家族：哺乳动物MSTN，鸟类MSTN以及鱼类MSTN 1和2。MST受纯化选择作用，在不同物种的直系同源基因具有较高...
本文系以Fox模型为兰本而设计的一种建立5S RNA二级结构的微型计算机方法。将5S RNA分子的核苷酸顺序作为信息输入，经Z-80微型计算机处理约4分钟后，即可建立在仅考虑二级相互作用的情况下，相当于Fox模型的具有最低自由能的二级结构。本方法获得的结果与同样以Fox模型为兰本的其它方法所得到的结果相符。本方法简便、快速和费用低廉，易于推广应用。
长江口及其南部邻近地区大弹涂鱼种群遗传结构及种群历史分析
大弹涂鱼 细胞色素b RAPD,种群遗传结构 长江口
2009/6/25
应用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术及细胞色素b（Cytｂ）基因序列，分析了长江口及其南部邻近地区大弹涂鱼（Boleophthalmus pecinirostris）群体遗传结构及种群历史，结果显示这一区域大弹涂鱼群体的遗传多样性水平很高。（1）RAPD分析结果：从100个10碱基随机引物中筛选出30个多态性引物，对长江口九段沙湿地、浙江舟山定海、福建霞浦群体各20个体进行RAPD分析，3个群...
采用长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了短额负蝗的线粒体基因组全序列。结果表明，短额负蝗的线粒体基因组全长15 558 bp，A+T含量为74.3%，37个基因位置与飞蝗的一致，基因间隔序列共计11处64 bp，间隔长度从1～16 bp不等；有15对基因间存在51 bp重叠，重叠碱基数在1～8 bp之间。13个蛋白质编码基因中找到6种可能的起始密码子，有12个基因在基因3＇端能找到完全的TA...
本文参照龟类近缘种的线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）控制区（control region，CR）及邻接序列，设计了二对特异引物，采用PCR和测序技术，获得了大鳄龟(Macroclemys temminckii)、小鳄龟(Chelydra serpentina)和平胸龟(Platysternon megacephalum)mtDNA CR区序列，其长度分别为1089 b...
测定了我国长江水系和澜沧江水系的日本沼虾9个群体，共79个个体的线粒体COI基因序列片段（约450 bp），结果发现有89个变异位点，共计有46个单倍型。其中云南昆明（KM）群体具有较丰富的遗传多样性（h=1.000，π=0.028），而重庆（CQ）群体的遗传多样性最小（h=0.700，π=0.008）。AMOVA分析表明，群体间的遗传变异占总遗传变异的9.66%，而90.34%的遗传变异源于群体...
鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系
鲹科 线粒体DNA 控制区 系统发育
2009/6/23
采用PCR技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA控制区全序列，并结合从GenBank中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用Clustal W排序后，对控制区结构进行分析，识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域，指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3），并给出了它们的一般形式，同时...
毛蚶与青蚶精子超微结构及其所反映的蚶科进化关系
蚶科 精子 超微结构 进化
2009/6/22
应用透射电镜技术，比较研究了毛蚶与青蚶精子的超微结构。毛蚶精子顶体为圆锥形，约为核长的1/2；精核无核前窝，具核后窝；中段横切面常见5个(偶见4个)线粒体环绕于中心粒周围；精子末段由轴丝及包绕轴丝的质膜组成，轴丝为典型的“9+2”结构。青蚶精子顶体轴向纵切面呈伞状，覆盖于细胞核前端，约为核长的1/3；精核具核前窝和核后窝；中段横切面常见有5个(偶见6个)线粒体环绕于中心粒周围；末段结构同毛蚶。顶体...
VP60B是对虾白斑综合症病毒(wssv)中含量很少的一个结构蛋白。VP60B的一段序列与腺病毒纤维蛋白
(Adenbvirus type 5 fiber protein)的knob domain的一段序列具有同源性。本试验将VP60B基因克隆到原核表达系统
中，在低温条件下，诱导了VP60B蛋白的表达。结果显示VP60B在该系统主要是以包含体的形式存在。原核表达
的VP60B不能被鼠抗WS...
利用已经报道的多个物种基因组序列资源，我们通过比较真骨鱼类（Teleost fish）共有的DMRT1-5基因所在染色体位置的基因组结构特征，从基因组水平证明了真骨鱼类和四足动物的相应DMRT基因的直系同源关系，揭示了DMRT4和DMRT5是因为真骨鱼类和四足动物的共同祖先发生了染色体重复事件而由同一基因分歧演变形成的。同时通过基因连锁分析，探测到包括SNF2和elavL家族基因在内的多个可能与D...
采用AFLP 分子标记方法对云南中甸的6 个黄花杓兰( Cypripedium flavum) 居群进行了遗传多样性水平、遗传结构及克隆多样性研究, 其中两个居群用样方取样法分析其克隆空间结构。POPGENE 软件分析结果表明: 两组引物共产生104 个位点, 其中86 个为多态位点, 多态位点百分率为82.69%。黄花杓兰具有丰富的遗传变异( 物种水平上, He = 0.2884, Ho= 0....
质粒pUC18 DNA的螺线管型超螺旋结构
DNA拓扑结构(DNA topology) 螺线管型超螺旋DNA(Solenoidally supercoiled DNA) 螺线管型DNA Ⅱ(Solenoidally relaxed circular DNA) 电子显微镜(Electron microscopy)
2008/3/7
理论上，游离的超螺旋DNA可以采取两种结构形式：互缠式超螺旋和螺线管型超螺旋。前者早已被透射电子显微镜和原子力显微术的研究所证实，而后者却仍然缺乏足够的证据。使用温和的清亮裂解液法，从DNA拓扑酶野生型大肠杆菌HB101细胞抽提质粒pUC18 DNA。经CsCl-EB平衡密度梯度超离心分离获得超螺旋pUC18 DNA和松弛型pUC18 DNA (DNA Ⅱ）。纯化DNA分别用疏水性溶剂系统...
同义密码子携带多少蛋白质二级结构信息
同义密码子(Synonymous codon) 蛋白质二级结构(Protein secondary structure) 信息论(Information theory) 统计关联(Statistical correlation)
2008/3/6
应用信息论方法考察了大肠杆菌和人两种生物的同义密码子用语和蛋白质二级结构的关联情况。研究结果表明：大肠杆菌和人的基因组中都存在着一些同义密码子明显携带有蛋白质二级结构信息，尽管这些信息量都很小；同义密码子与蛋白质二级结构的关联是种属特异的。HOW MUCH PROTEIN SECONDARY STRUCTURAL INFORMATION
DO SYNONYMOUS CODONS CARRY?U...