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近期，中国科学院动物研究所周旭明团队首先利用直系同源基因的蛋白质和核酸序列以及超保守元件来解析非洲兽总目的系统发育关系。该研究的系统发育树和物种树的研究结果拒绝了海牛和蹄兔是姐妹群的观点。通过AU检验和基因树的一致性检验，拓扑结构的差异支持了象和蹄兔是最优拓扑的姐妹群关系。进一步的位点一致性检验揭示了快速进化位点和具有极大系统发育信号位点对系统发育关系推断的干扰。研究还发现，不完全谱系分选是引起争...
中国科学院遗传与发育生物学研究所张永清研究组在Trends in Neurosciences发表Calpain在神经系统发育和退行性疾病中的功能的综述（图）
Calpain 神经系统发育 退行性疾病 功能 综述
2021/8/23
中国科学院遗传与发育生物学研究所张永清实验室的早期研究揭示Calpain在神经突触可特异性剪切谷氨酸受体GluRIIA (J Neurosci, 2019)以及发现跨膜蛋白Ttm50是Calpain在细胞内的正常定位和活化所必须(Cell Research, 2020)。在此基础上，张永清实验室系统梳理和评述了当今Calpain研究的主要进展。
虾虎鱼类线粒体全基因组序列结构特征分析及系统发育关系探讨
虾虎鱼类 线粒体基因组 结构特征 系统发育基因组学
2014/2/6
虾虎鱼类体态变异大、体型小、种类多, 形态鉴定及谱系分类较为困难。为深入开展虾虎鱼类的鉴定、分类及遗传进化等研究, 文章对已获得的26种虾虎鱼线粒体全基因组进行分析。结果发现, 虾虎鱼类线粒体基因组的基因组成及排列模式与大多数脊椎动物线粒体基因组特征基本一致; 由于不同物种的控制区存在不同数量的重复序列而导致基因组序列长度存在明显的差异; 26种虾虎鱼线粒体全基因组序列及不同基因中A+T的含量均超...
启动脊椎动物中枢神经系统发育是动物发育进程中最重要的过程之一。中枢神经系统最早来源于神经前体细胞，因此神经前体细胞的诱导和特化是发育生物学最重要的科学问题之一。神经前体细胞是在胚胎背-腹轴建立过程中诱导产生的。以前的研究表明，β–catenin分子在胚胎背-腹轴建立过程中起关键作用，其激活依赖于母源因子Wnt11。然而，β-catenin激活并不能完全由Wnt11的活性解释，因此寻找特异在背部外胚...
中国科学院遗传与发育生物学研究所张建实验室在爪蛙中发现控制早期中枢神经系统发育关键母源基因
中国科学院遗传与发育生物学研究所张建实验室 爪蛙 发现 控制 早期中枢神经系统 发育 母源基因
2012/5/2
启动脊椎动物中枢神经系统发育是动物发育进程中最重要的过程之一。中枢神经系统最早来源于神经前体细胞，因此神经前体细胞的诱导和特化是发育生物学最重要的科学问题之一。神经前体细胞是在胚胎背-腹轴建立过程中诱导产生的。以前的研究表明β–catenin分子在胚胎背-腹轴建立过程中起关键作用，其激活依赖于母源因子Wnt11。然而，β-catenin激活并不能完全由Wnt11的活性解释，因此寻找特异在背部外胚层...
线粒体D-loop序列变异与东方鲀属鱼类系统发育
系统发育 D-loop 东方鲀属
2009/8/26
东方鲀属的红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）是后基因组时代的一种重要模式生物。本研究中，利用东方鲀属11种鱼类（18尾）的D-loop基因序列，对东方鲀属鱼类的系统发育关系进行研究。经序列比对排定后，分析中D-loop序列有841个位点，其中395个位点为可变位点，267个位点为系统发育信息位点。分别采用邻接法（NJ）、最大简约法（MP）、最大似然法（ML）和贝叶斯方法构建了分子系统...
基于线粒体COI基因序列的文蛤属（软体动物门：帘蛤科）系统发育关系(英文）
文蛤属 文蛤 COI基因 系统发育
2009/6/23
测定了4种文蛤属贝类的15个个体的COI基因序列，并从GenBank下载了短文蛤 (M. petechialis)的相应序列。比对后的序列长度为574 bp，包括93个简约信息位点，A、T、C和G的平均含量分别为21.15%、44.71%、14.05%和20.09%。通过对序列的分析，共定义了12个单倍型：文蛤 (M. meretrix) 4个，斧文蛤 (M. lamarckii) 2个，丽文蛤 ...
鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系
鲹科 线粒体DNA 控制区 系统发育
2009/6/23
采用PCR技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA控制区全序列，并结合从GenBank中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用Clustal W排序后，对控制区结构进行分析，识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域，指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3），并给出了它们的一般形式，同时...
中国科群鱼类至今已记录8属23种(亚种)，但分布于云南澜沧江、怒江等水系的一些种类及分布于四川西南地区的属和石爬属的一些种的有效性仍存疑问或争议，值得进一步研究。分子生物学证据为解决种级阶元分类地位的争议，或者为系统发育研究提供了微观证据。但形态学之间、形态学与分子生物学之间、分子生物学之间的研究结果均不完全吻合，甚至同一作者不同年代形态学与分子生物学的研究结果也相互矛盾。鱼类的分布...
摘要利用16S rRNA RFLP、16S rRNA序列分析和16S～23S IGS PCR RFLP技术对43株花生根瘤菌和来自其他种属的15个参比菌株进行了群体遗传多样性和系统分析.16S rRNA PCR RFLP分析结果表明,所有供试花生根瘤菌均属于慢生根瘤菌属,在系统发育上与B.japonicum的亲缘关系最近,具有相同的16S rRNA RFLP基因型,而与B.elkanii相对较远....
摘要随着DNA聚合酶X家族成员数量的增加,特别是两个昆虫痘病毒（entomopoxvirus，EPV）成员的加入，家族内部的系统发育关系需要重新检查。总共37个来自不同物种的DNA聚合酶X家族成员的核心结构域序列被分析。结果显示:系统发育树呈现的家族内部系统发育关系基本上与家族成员的物种分布状态相吻合，其中，病毒成员与真核生物DNA聚合酶beta（polβ）亚群构成姐妹群，提示病毒成员可能起源于真...
蝗总科部分种类16S rDNA的分子系统发育关系
蝗总科 16S rDNA 分子系统发育
2008/2/1
摘要 摘 要：将自测的我国直翅目蝗总科8科8个种和从互联网GenBank中
检索到相关物种的线粒体基因组16S rDNA序列片段进行同源性比较，计算核苷酸使用频率，并构建分子系统树。在获得的480 bp的序列中，A+T约占70.7%，G+C为29.3%，颠换取代（transversion）的速率大于或接近转换取代（transition）的速率，其中188个核苷酸位点存在变异。研究结果表明：在直翅...
DNA在鸟类分子系统发育研究中的应用
鸟类 分子系统发育 线粒体DNA 核DNA
2007/12/20
鸟类分子系统发育研究中常用的DNA技术有DNA杂交、RFLP和DNA序列分析等。DNA杂交技术曾在鸟类中有过大规模的应用，并由此诞生了一套新的鸟类分类系统。在鸟类的RFLP分析中，用的最多的靶序列是线粒体DNA。DNA序列分析技术被认为是进行分子系统发育研究最有效、最可靠的方法。在DNA序列分析中，线粒体基因应用最广泛，但由于其自身的一些不足，近年来，不少学者把目光投向了核基因，将线粒体基因和核基...
系统发育研究中“长枝吸引”现象概述
系统发育研究 长枝吸引 系统发育分析方法
2007/12/7
摘要系统发育研究(phylogeny)不仅有助于重建地球所有生物体的进化历史, 而且还可以揭示进化生物学领域中的一些基本问题。清晰了解各生物物种进化历程及不同物种之间的进化关系, 是进一步研究和探索生物学其他学科的基础。但是现今广泛应用的所有系统发育分析方法都存在一定的局限性, 在一定程度上不能有效消除各种误差, 从而不能客观地处理和分析数据, 也就不能成功重建生物进化历程, 真实反映物种进化关系...
摘要：蓝氏贾第虫是广为关注的源真核生物，有人认为它处在生物进化中原核生物与真核生物间的过渡阶段，对其系统发育的研究具有重要的生物学意义。本研究通过对不同地域和/或宿主来源贾第虫虫株的核糖体基因(rDNA)的内转录间隔区（ITS1和ITS2）及5.8S rDNA序列进行扩增、克隆及序列测定，用NJ法构建分子系统树进行系统学分析。结果显示：所测得10个虫株的序列经用DNAMAN软件比对后，有2个虫株的...