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本发明公开了一种水稻代谢轮廓分析及代谢差异研究的方法，采用液相色谱-质谱联用技术对水稻种子提取物进行分析得到水稻代谢轮廓谱，然后用多变量统计方法研究转基因水稻和非转基因水稻的代谢轮廓数据的整体差异，并发现对代谢表型差异有重要贡献的化合物，为转基因水稻的非预期效应和安全性评价提供依据。本发明的分析方法简单，快速，重复性好，适合于实际样品的批量分析。