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古地质事件及古气候的波动会影响物种当前的遗传分布格局。例如，研究显示青藏高原的隆升及第四纪气候的波动对这一地区的大部分物种的遗传结构产生影响。根据地磁学的证据以及孢粉资料显示，天山山脉在第三纪末期经历了强的隆升，而在第四纪末期有着多次的干冷-暖湿的循环。而天山山脉的古地质事件及这一地区第四纪气候的波动对物种当前的遗传格局影响的研究相对较少。