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我国科学家揭示IL-6通过损伤特异的转录调控机制诱导肝细胞去分化
IL-6 损伤特异 转录调控 肝细胞去分化
2024/1/18
肝脏是人体重要的代谢和解毒器官，具有强大的再生能力。肝脏损伤后可以通过细胞重编程的方式，即肝细胞去分化成肝祖细胞样细胞实现肝细胞的再生。因此，研究肝细胞重编程相关机制，对于开发肝损伤相关疾病的治疗药物，具有重要理论意义。
科学家将人类胚胎发育的前60天划分为23个发育时期，即卡内基分期（Carnegie stage，CS1-CS23）。目前，人类CS1-CS7胚胎发育事件已被多个团队解析，而人类CS7后的早期器官发生时期的胚胎难以获得，此阶段的研究仍为空白。非人灵长类动物与人类在进化上关系密切，经常被用作研究人类早期胚胎发育的动物模型。中国科学院动物研究所等研究人员绘制了非人灵长类动物原肠运动与早期器官发生的单细胞...
人的生命开始于精子与卵子融合形成受精卵（胚胎期第0天；Embryonic day 0；E0），受精卵经历卵裂形成囊胚，囊胚在E7左右种植到母体子宫进一步发育。E14开始，胚胎经历原肠运动，胚胎后部细胞发生大规模定向迁移，并形成原条细胞。原条细胞进一步分化为中胚层和定型内胚层（definitive endoderm），同时胚胎前部细胞分化为外胚层。基于此，胚胎发育成为具有内胚层、中胚层和外胚层的三胚...
基于单细胞转录组测序图谱的肿瘤病灶溯源（图）
单细胞 转录组 测序图谱 肿瘤
2023/6/20
杨朝勇教授课题组与合作者发展了基于单细胞转录组测序图谱与深度迁移学习的循环肿瘤细胞组织溯源新方法, 相关成果以“Deep transfer learning enables lesion tracing of circulating tumor cells”为题发表于《自然-通讯》（Nature Communications, 2022, 13, 7687）。
中国科学院深圳先进技术研究院开发出活细胞转录组测序技术（图）
活细胞转录 组测序技术 Live-seq
2022/8/31
一个受精卵发育为一个复杂个体，正常体细胞变成肿瘤细胞，细胞作为生命的基本单位，其状态的动态变化既是健康发育的基础也是疾病产生的原因。从光学显微镜对细胞形态变化的观察，到绿色荧光蛋白对细胞基因、表达定位等变化的追踪，再到分子记录器在基因组中稳定写入曾经发生的分子事件，以及单细胞转录组测序的发展，允许细胞全转录组的变化拟时序推测，每一次细胞动态变化记录的技术变革均推动了细胞生物学的发展。既有方法或受限...
青藏高原作为世界高原之最，低氧是人类居住的主要压力。世居于世界屋脊之上的高原藏族，成为所有高原人群中低氧适应能力最强的一个民族。藏族不仅在血氧运输中表现出较大的优势，在婴儿出生体重和成活率上也优于同海拔其他人群。前期基因组研究发现EPAS1、EGLN1及PPARA为代表的低氧通路相关基因在藏族人群中受到强烈选择，然而这些相关选择位点目前尚难以直接解释藏族人群包括生育能力在内的诸多低氧适应性表型。
研究人员开发空间转录组生物组织亚结构解析新工具（张世华等）（图）
空间转录组 结构解析 空间域 STAGATE
2022/4/25
近年来，空间转录组学（Spatial Transcriptomics，简称ST）的突破性进展使得研究人员在全基因组层面测量组织切片中特定空间位点的基因表达信息成为可能，这为研究人员破译组织的空间结构，理解复杂的生物学功能提供了条件。组织切片中具有相似基因表达空间模式的区域形成组织中特异的亚结构（简称为空间域）。精确破译空间域是空间转录组数据解析中最基本和关键的环节。然而，适用于单细胞异质性识别的经...
中国科学院遗传与发育生物学研究所研究综合了已报道的3' RNA-Seq定制化建库方法的优点，并针对测序外包市场标准双端150bp/250bp(PE150/250)模式优化实验设计，开发了一种通用高效的基因表达文库构建方法，即简化的poly(A)锚定测序(SiPAS)技术。通过在六倍体面包小麦中SiPAS性能的测试实验，证实了SiPAS具有高水平的灵敏度、准确性和可重复性，该技术有望成为群体转录组学...
科学家绘制水稻幼苗根叶单细胞转录图谱（图）
科学家 绘制水稻幼苗 根叶单细胞 转录图谱
2021/6/28
中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组应用单细胞转录组测序技术，获得了水稻幼苗叶和根超过20万个单细胞的转录组信息，利用细胞类型标记基因和原位杂交技术，对每个细胞的身份进行了鉴定，构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录图谱。相关结果近日发表于《遗传学和基因组学期刊》。
复旦大学基础医学院上医孟丹和蓝斐团队合作揭示转录因子与表观遗传因子协同调控干细胞命运决定的机制（图）
复旦大学基础医学院 上医孟丹 蓝斐 转录因子 遗传因子 协同调控 干细胞 命运决定 机制
2021/2/23
细胞的命运决定受到转录因子与表观遗传因子的协同调控，例如胚胎干细胞的多能性维持，既需要关键转录因子的正确结合，又需要对启动子和增强子活性的精确调控，两者密不可分。因此，研究转录因子与表观遗传因子如何协同作用维持干细胞多能性是亟需解决的科学问题，对细胞命运决定具有重要的意义。近日，复旦大学基础医学院教授孟丹团队与生物医学研究院研究员蓝斐团队合作揭示了转录因子与表观遗传因子协同调控干细胞命运决定的新机...
2020年3月13日，山东大学生命科学学院动物细胞和发育生物学山东省重点实验室邵明教授和广东医科大学附属医院石德利教授为共同通讯作者的题目为“Rbm24 controls poly(A) tail length and translation efficiency of crystallin mRNAs in the lens via cytoplasmic polyadenylation”的科研...
浙江大学遗传学研究所管敏鑫教授课题组在Nucleic Acids Research发表研究成果揭示线粒体tRNA转录缺陷导致原发性高血压的致病新机理（图）
浙江大学遗传学研究所 管敏鑫 教授 线粒体 tRNA转录缺陷 原发性 高血压 致病新机理
2019/10/9
2019年8月28日，浙江大学遗传学研究所管敏鑫教授课题组在国际权威学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表了线粒体tRNA转录缺陷导致原发性高血压的最新研究成果（原文链接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz742/5555676），首次揭示了线粒体基因组重链和轻链的非...
本研究旨在了解湖羊FSHR基因5'-UTR序列特征和转录因子调控，为揭示湖羊FSHR基因转录调控机制提供依据。采集3只成年湖羊母羊的心、肝、脾、肺、肾、胃、肌肉、大肠、小肠、子宫和卵巢11种组织，采用PCR扩增和克隆测序技术获得湖羊FSHR基因5'-UTR序列，生物信息学方法分析其序列特征，RT-PCR技术分析转录因子PAX4在湖羊11种组织中的表达情况；合成湖羊PAX4基因过表达载体pcDNA3...
转录组测序研究三角帆蚌珍珠颜色相关基因
三角帆蚌 珍珠颜色 差异表达 转录组测序
2019/1/21
为筛选影响三角帆蚌珍珠颜色的候选基因，采用转录组测序平台Illumina HiSeqTM 2500对蚌壳珍珠层颜色为紫色和白色的三角帆蚌中央膜组织进行高通量测序。所得序列经质控、组装后比对到NR、Swiss-Prot、COG、KOG、KEGG、GO和Pfam数据库中注释，并进行差异基因聚类分析。结果显示，获得干净数据共72 800 581 bp，拼接获得了89 529个Unigene，差异表达基因...
2017冷泉港学术会议：真核转录机制（Cold Spring Harbor conference on Mechanisms of Eukaryotic Transcription）
mRNA Translation Regulation
2017/1/19
We are pleased to host the eleventh Cold Spring Harbor meeting on Eukaryotic mRNA Processing, which will begin at 7:30 pm on Tuesday, August 22 and run through lunch on Saturday, August 26, 2017. The ...