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太平洋牡蛎酪氨酸酶基因家族的系统发生分析
太平洋牡蛎 酪氨酸酶 分类 系统发生
2014/3/17
文章利用生物信息学方法对太平洋牡蛎(Crassostrea gigas Thunberg)酪氨酸酶基因家族的氨基酸序列特征、分类及系统发生进行了分析。结果表明, 太平洋牡蛎酪氨酸酶基因家族在进化过程中存在基因扩张现象, 其主要方式是基因重复。太平洋牡蛎酪氨酸酶可分为3种类型：分泌型 (Type A), 胞内型 (Type B)和具跨膜结构域型 (Type C)。根据太平洋牡蛎酪氨酸酶进化树分析, ...
虾虎鱼类线粒体全基因组序列结构特征分析及系统发育关系探讨
虾虎鱼类 线粒体基因组 结构特征 系统发育基因组学
2014/2/6
虾虎鱼类体态变异大、体型小、种类多, 形态鉴定及谱系分类较为困难。为深入开展虾虎鱼类的鉴定、分类及遗传进化等研究, 文章对已获得的26种虾虎鱼线粒体全基因组进行分析。结果发现, 虾虎鱼类线粒体基因组的基因组成及排列模式与大多数脊椎动物线粒体基因组特征基本一致; 由于不同物种的控制区存在不同数量的重复序列而导致基因组序列长度存在明显的差异; 26种虾虎鱼线粒体全基因组序列及不同基因中A+T的含量均超...
CRISPR/Cas系统广泛存在于细菌及古生菌中, 是机体长期进化形成的RNA指导的降解入侵病毒或噬菌体DNA的适应性免疫系统。对Ⅱ型CRISPR/Cas系统的改造使其成为继锌指核酸酶(ZFNs)和TALE核酸酶(TALENs)以来的另一种对基因组进行高效定点修饰的新技术, 与ZFNs和TALENs相比, CRISPR/Cas系统更简单, 并且更容易操作。文章重点介绍了Ⅱ型CRISPR/Cas系统...
原核生物eno基因在系统进化中应用及水平转移分析
eno基因 系统发育 基因水平转移
2012/8/6
多基因系统发育研究方法是系统发育分析中的一个重要手段, 基因树冲突已成为分子系统发育研究中日益突出的问题。烯醇化酶基因(eno)及其编码的蛋白广泛存在于五界系统中, 烯醇化酶为糖酵解途径中重要酶类。文章选取原核生物已注释的eno基因序列进行了系统发育分析。对其中的138个模式菌株的eno基因序列进行系统发育分析和同源性搜索, 发现19个模式菌株的eno基因是通过水平转移而来; 并通过核苷酸组成、密...
羚牛线粒体DNA和系统进化研究
羚牛 线粒体DNA 多态性 系统进化
2009/10/28
用8种限制酶分析了5种牛科动物，羚牛、黄牛、水牛、绵羊和山羊的线粒体DNA 的多态性。依据数学模型计算这5种动物间的遗传距离，在此基础上构建了UPG 和NJ两种分子系统进化树。结果表明：羚牛与牛和羊的分化时间分别为4．02 Ma和3．72 Ma，因此将羚牛归入羊亚科较为合理。
生物入侵是不均衡世界的一个永恒话题，尤其是当人类有意或无意地引入物种后。很多引入显然是无害的，但另外一些则有着严重的后果，会给入侵地的生物以至于整个生物群落造成影响。本文总结了分布区扩张的常见模式，概述了它们对遗传多样性和种群结构式样所造成的影响。描述了如何根据以一批遗传标记所得到的遗传多样性式样来推断入侵途径，来揭示伴随扩张选择和漂变在形成种群遗传样式中的作用。本文对日益增多的群体遗传学方法进行...
鸡球虫mt COⅠ基因片段序列的克隆与系统学分析
鸡 球虫 艾美耳球虫 细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基 序列分析 系统进化
2009/8/27
利用扩增的鸡球虫线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基（mt COⅠ）基因片段，对鸡柔嫩艾美耳球虫（Eimeria tenella）、毒害艾美耳球虫（E. necatrix）、巨型艾美耳球虫（E. maxima）、堆形艾美耳球虫（E. acervulina）、变位艾美耳球虫（E. mivati）进行系统进化研究。提取5种球虫12个株的总DNA，利用合成的引物进行PCR扩增和序列分析，将得到的序列登录GenB...
线粒体D-loop序列变异与东方鲀属鱼类系统发育
系统发育 D-loop 东方鲀属
2009/8/26
东方鲀属的红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）是后基因组时代的一种重要模式生物。本研究中，利用东方鲀属11种鱼类（18尾）的D-loop基因序列，对东方鲀属鱼类的系统发育关系进行研究。经序列比对排定后，分析中D-loop序列有841个位点，其中395个位点为可变位点，267个位点为系统发育信息位点。分别采用邻接法（NJ）、最大简约法（MP）、最大似然法（ML）和贝叶斯方法构建了分子系统...
从基因组分析贾第虫的核糖体合成系统
贾第虫 核仁 核糖体合成 基因组
2009/6/25
为探讨贾第虫细胞核内核糖体合成系统，及与典型的真核生物有何差异，首先，确定在典型真核生物中参与核糖体合成的129条共有的保守蛋白，然后用这些蛋白搜索贾第虫基因组以调查它们在贾第虫中的直系同源蛋白的情况，以对贾第虫的核糖体合成系统作一了解。结果表明：贾第虫具有89条这些蛋白的直系同源蛋白，包括参与rRNA甲基化和假尿嘧啶化的蛋白复合体成员，以及存在于90S、40S和60S复合体中的蛋白。贾第虫的核糖...
基于线粒体COI基因序列的文蛤属（软体动物门：帘蛤科）系统发育关系(英文）
文蛤属 文蛤 COI基因 系统发育
2009/6/23
测定了4种文蛤属贝类的15个个体的COI基因序列，并从GenBank下载了短文蛤 (M. petechialis)的相应序列。比对后的序列长度为574 bp，包括93个简约信息位点，A、T、C和G的平均含量分别为21.15%、44.71%、14.05%和20.09%。通过对序列的分析，共定义了12个单倍型：文蛤 (M. meretrix) 4个，斧文蛤 (M. lamarckii) 2个，丽文蛤 ...
基于线粒体ND1和CO1基因序列探讨锯眼蝶-亚科主要类群的系统发生关系
基因 系统发生关系
2009/6/23
研究测定了锯眼蝶亚科4族、10属共20个国产代表种的线粒体ND1和COI基因的部分序列，结合从GenBank中获得的4个国外产种类的同源序列，以凤蝶科的迪洛尔娟凤蝶、丝带凤蝶，以及娟蝶科的西猛娟蝶为外类群，通过邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法重建了分子系统树，分析了该亚科及其主要类群的系统发生关系。分析结果表明：帻眼蝶族和锯眼蝶族具有较近的亲缘关系；黛眼蝶族不是单系群，该族中的黛眼蝶属、荫...
鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系
鲹科 线粒体DNA 控制区 系统发育
2009/6/23
采用PCR技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA控制区全序列，并结合从GenBank中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用Clustal W排序后，对控制区结构进行分析，识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域，指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3），并给出了它们的一般形式，同时...
中国科群鱼类至今已记录8属23种(亚种)，但分布于云南澜沧江、怒江等水系的一些种类及分布于四川西南地区的属和石爬属的一些种的有效性仍存疑问或争议，值得进一步研究。分子生物学证据为解决种级阶元分类地位的争议，或者为系统发育研究提供了微观证据。但形态学之间、形态学与分子生物学之间、分子生物学之间的研究结果均不完全吻合，甚至同一作者不同年代形态学与分子生物学的研究结果也相互矛盾。鱼类的分布...
利用已经报道的多个物种基因组序列资源，我们通过比较真骨鱼类（Teleost fish）共有的DMRT1-5基因所在染色体位置的基因组结构特征，从基因组水平证明了真骨鱼类和四足动物的相应DMRT基因的直系同源关系，揭示了DMRT4和DMRT5是因为真骨鱼类和四足动物的共同祖先发生了染色体重复事件而由同一基因分歧演变形成的。同时通过基因连锁分析，探测到包括SNF2和elavL家族基因在内的多个可能与D...