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科学家发现古菌向导RNA识别底物的新规则
科学家 古菌 RNA 新规则
2023/12/16
2023年11月30日，中国科学院生物物理研究所叶克穷课题组在《中国科学：生命科学》在线发表论文，揭示了古菌中2'-O-甲基化修饰全局图谱以及C/D RNA识别底物的新模式。
RNA聚合酶是由多亚基组成的复合物，负责转录生成不同类型的RNA，该家族共有5个成员，其中的Pols I-III在所有真核生物中均保守，而Pol IV和Pol V则是植物中特有的。其中Pol V作为核心组分参与了植物特异的由非编码RNA介导的DNA从头甲基化过程，在该调控途径的下游，Pol V通过产生lncRNA（long non-coding RNA）来招募DNA甲基转移酶从而引起基因组特定位点...
北京基因组所（国家生物信息中心）马利娜副研究员等应邀在国际权威综述期刊Nature Reviews Molecular Cell Biology发表长非编码RNA数据库评述文章
马利娜 非编码RNA数据 蛋白编码
2023/7/6
202年5月23日，中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)马利娜副研究员应Nature Reviews Molecular Cell Biology 邀请，联合章张研究员，发表题为“The contribution of databases towards understanding the universe of long non-coding RNAs”的评述，系统总结了长非编码RNA...
RNA编辑作为一种重要的共/转录后修饰，能够诱导内源性及外源性RNA序列的核苷酸发生改变。这种变化在几乎所有细胞生命的众多生物过程中发挥重要作用，并与包括癌症在内的多种人类疾病息息相关。在后生动物中，主要的RNA编辑类型包括A-to-I与C-to-U两种，分别由ADAR和APOBEC家族酶催化。除催化活性外，作为RNA结合蛋白的ADARs和APOBECs还可以直接与RNA底物相互作用，从而对内源性...
m6A是目前已知的真核细胞mRNA上最为常见的一类化学修饰，它的建立、读取和擦除分别受到相应甲基化酶（writer）、结合蛋白（reader）以及去甲基化酶（eraser）的动态可逆调控。研究表明，m6A能够通过调节mRNA的剪接、出核、稳定性以及翻译等生命周期活动，参与调控机体的诸多生理或病理进程，包括胚胎发育、肿瘤以及神经退行性疾病的发生等。然而，在生理性衰老过程中，m6A对于器官稳态维持的调...
2022年12月27日，中国医学科学院医药生物技术研究所岑山研究团队和病原生物学研究所王健伟、郭斐研究团队在 Signal Transduction and Targeted Therapy 《信号转导与靶向治疗》杂志在线发表了题为“SARS-CoV-2 hijacks cellular kinase CDK2 to promote viral RNA synthesis”（新型冠状病毒劫持细胞激...
宿主细胞依赖多种免疫应答机制来对抗病毒感染。其中，针对核酸分子的免疫识别和操作，是极为核心的抗病毒免疫策略，其广泛存在于从细菌到哺乳动物等几乎所有宿主系统中（图-1）。相较于哺乳动物细胞稍显复杂的信号转导和调控，细菌往往更为简单高效，其编码的多种抗病毒免疫系统可直接对核酸分子进行切割或修饰（图-1）。这种特点也使得细菌免疫系统被广泛用于多种生物学工具的开发（如R-M和CRISPR-Cas等），极大...
中国科学院大学生命科学学院RNA生物学研究组主要研究R-loop结构调节动物适应环境的分子机制，属于行为学、神经生物学、分子生物学以及基因组学等学科交叉的研究领域。研究内容集中在飞蝗脑中R-loop结构调节飞蝗嗅觉行为的神经分子机制。
Briefings in Bioinformatics丨杨力团队开发RNAlight工具用于多类型RNA的亚细胞定位预测研究（图）
杨力团队 RNA亚细胞 生物医学研究院 核苷酸序列
2023/4/14
RNA亚细胞定位与其生成、加工和功能密切相关（1,2），因此，解析RNA的亚细胞定位对其功能研究至关重要。利用传统的实验生物学方法，如FISH和细胞组分分离后鉴定等可以有效的发现目的RNA的亚细胞定位，但是其通量较低、且不同实验方法的特异性也会导致某些RNA无法被准确定位。近期，结合亚细胞RNA组分分离和后续高通量测序分析，大量的RNA亚细胞定位信息被报道，利用这些数据并结合机器学习和深度学习的方...
Annual Review of Cell and Developmental Biology丨杨力研究员受邀合作发表环形RNA长篇年鉴综述（图）
杨力研究员 生物医学研究院 生物化学
2023/4/14
2022年10月，复旦大学生物医学研究院杨力研究员受邀与国际同行在Annual Review of Cell and Developmental Biology期刊正式发表了题为“Biogenesis and Regulatory Roles of Circular RNAs”的长篇年鉴综述论文。该论文从同类型环形RNA的研究历程入手，将众多同类型的环形RNA依据其生成加工机制进行了系统分类，并针...
近日，由中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的人类长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）数据库LncBook 2.0正式上线。该研究内容以“LncBook 2.0: integrating human long non-coding RNAs with multi-omics annotations”为题在国际学术期刊Nucle...
细胞内RNA作为指导蛋白质翻译的模板，受到了多种调控和修饰。不同的情况下，基因产生的转录本表达水平会发生改变，乃至产生不同的转录异构体，进而形成多种蛋白质亚型。在RNA转录本水平进行研究，可以更加精准地描绘癌症转录组的改变。然而，目前大部分的研究是在基因水平，而忽视了RNA转录本的多样性，尚未有研究系统性地分析大规模人源癌细胞系的转录本图谱，并揭示其调控及与抗肿瘤药物敏感性的关系。
哮喘是儿童最常见的慢性呼吸道疾病，近年来，其发病率呈快速上升的趋势，国内1990-2010年儿童哮喘的发病率从1.09%增至3.02%，20年增加了2.8倍。目前上海市儿童的哮喘发病率已超过8%，成为国内发病率最高的城市，严重影响着儿童的生长发育及身心健康。哮喘是一种是由遗传、环境和表观遗传学因素等相互作用而引起的一种免疫炎症性疾病。表观遗传学是不依赖于DNA序列变化而由染色质改变产生的可稳定遗传...
中国科学院微生物研究所向华/李明研究团队此前发现一类全新的可以护卫CRISPR-Cas的双RNA型毒素-抗毒素系统CreTA（Science, 2021），进一步研究发现CreTA起源于mini-CRISPR结构，但其重复序列repeat发生了高度退化（Nucleic Acids Res, 2021）。CreTA的repeat序列为何会发生这一退化，其进化驱动力是什么，科学家们尚不清楚。近日，李明...