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达尔文根据共同祖先这一概念，提出可以将所有现存和已灭绝的生物门类和物种联系起来，描绘出“生命之树（Tree of Life）”，这也是他的名著《物种起源》唯一的插图。随着分子系统发育研究的兴起，重建一个反映真实物种亲缘关系的“生命之树”并阐述其起源与演化式样一直是生命科学研究的热点问题，也是生命科学其它分支学科研究的重要基础。
天南星科系统发育及全基因组复制事件研究获进展（图）
天南星科 系统发育 全基因组 复制事件
2022/9/14
天南星科（包括浮萍类，但不包括菖蒲属）约有144属3645种，是单子叶植物泽泻目最为多样化的类群之一，具有多样的形态和生态习性。在分子系统学兴起前，菖蒲属长期被置于天南星科，已被证实为单子叶植物最早分化的类群；浮萍类则常长期被处理成独立的科。此前，研究发现天南星科的祖先栖息地与水生或湿地环境有关。该科约90%的属和95%的种分布在热带和亚热带地区，仅少数种分布在温带。其中，核心天南星科分支（Tru...
青藏高原作为世界上平均海拔最高、地质历史最年轻的高原，享有“世界屋脊”和“第三极”的美誉。青藏高原的隆升和第四纪时期剧烈的气候震荡对该区域内物种的遗传结构和地理分布产生了深远的影响，也影响着全球生态格局。青藏高原拥有其独特极端环境的丰富生物资源，是全球生物多样性热点地区之一，同样也是研究物种适应性进化、物种多样性及物种对第四纪冰期的响应等科学问题最理想的区域。
中国科学院武汉植物园在东非高山特有千里木属植物系统发育及生物地理学研究中取得新进展
东非高山 千里木属植物 系统发育 生物地理学
2022/10/27
千里木属（Dendrosenecio）隶属菊科（Asteraceae），包括 11个物种和 5个亚种，特有分布于东非高山地区，为世界最著名的高山植物类群之一，也是研究高山植物辐射分化及适应性进化的理想材料。长期 以来，虽然学者们一直高度关注这一类群，但由于缺乏有效的分子标记来揭示其属内系统发育关系，该类群的分类处理以及其辐射进化模式未能很好解决。
【目的】明确肉食亚目(Adephaga)水生类群线粒体基因组的基本特征，并基于线粒体基因组序列分析肉食亚目水生类群的系统发育关系。【方法】基于Illumina HiSeq X Ten测序技术测定了圆鞘隐盾豉甲Dineutus mellyi和齿缘龙虱Eretes sticticus的线粒体全基因组序列，对其进行了基因注释，并对其tRNA基因二级结构进行了预测分析。加上已公布的鞘翅目(Coleopte...
银杏MADS-box基因家族的表达及系统发育分析
银杏 MADS-box基因家族 开花调控 花器官发育
2018/11/27
MADS-box基因是真核生物中一类编码转录调控因子的基因家族, 在植物花器官发育中发挥重要的调控作用。为了探究MADS-box家族基因在银杏花发育中的功能, 本文对银杏花芽分化4个时期的样品进行转录组测序, 筛选其中的MADS-box家族基因, 利用生物信息学方法对筛选到的基因进行表达模式、蛋白结构、细胞定位和系统进化分析。结果显示: 共得到15个银杏MADS-box家族基因。表达分析表明, 目...
【目的】分析黑毛皮蠹Attagenus unicolor japonicus的线粒体基因组结构及皮蠹科的系统发育。【方法】本研究利用下一代测序方法测定了黑毛皮蠹的近完全线粒体基因组序列，并基于39种昆虫的cox1基因序列，通过最大似然法和贝叶斯法构建了皮蠹科的系统发育树。【结果】黑毛皮蠹线粒体基因组包含37个基因（2个rRNA基因，22个tRNA基因，13个蛋白质编码基因）和一段不完全的控制区，总...
【目的】本研究应用DNA条形码技术对青海省部分蚤种进行鉴定，旨在弥补蚤类传统形态分类方法的不足。【方法】通过PCR扩增3总科6科22属44种共182头蚤类标本的线粒体COI基因片段(约600 bp)并进行测序和比对；用K2P模型计算种内及种间遗传距离；以邻接法（neighbor-joining, NJ）构建系统发育树。【结果】共测得182条COI基因序列片段（GenBank登录号: MG13815...
【目的】对在中国有分布的库蚊属Culex种(亚种)的COⅠ序列和ITS2序列进行测序，构建和讨论这些种(亚种)的分子系统发育关系。【方法】测定了库蚊属20个种(亚种)的COⅠ和ITS2序列，并从NCBI数据库中下载了库蚊属另外20个种(亚种)的COⅠ和3个种(亚种)的ITS2序列。对库蚊属40个种(亚种)的COⅠ序列和其中23个种(亚种)的ITS2序列进行碱基构成、种间遗传距离和饱和度分析，并对C...
【目的】了解小红珠绢蝶Parnassius nomion线粒体基因组的特征，并从线粒体基因组水平探究蝶类高级阶元的系统发育关系。【方法】采用PCR扩增技术及Sequencher 4.8拼接软件获得小红珠绢蝶线粒体基因组全序列。参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组全序列并使用MEGA6.0软件对小红珠绢蝶线粒体基因组中各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 1.21在线预测小红珠绢蝶线粒体基因...
为明确泰山现有照山白、迎红杜鹃、满山红、杜鹃、羊踯躅的系统分类, 同时探讨杜鹃属(Rhododendron)内各亚属的系统发育关系, 本研究以泰山现有杜鹃属的4个亚属5个种8个样本为研究对象, 借助GenBank数据库, 以扫帚岩须和吊钟花为外类群, 分析了杜鹃属9个亚属92个种的内转录间隔区(ITS2)序列并构建分子系统发育树; 同时选取其中18个代表种24个形态性状进行分析及表型性状分支分析树...
【目的】蚜虫是杂食性农业害虫。本研究旨在通过线粒体基因组分析更好地了解蚜科昆虫的系统发育关系。【方法】结合第二代测序和PCR扩增技术获得了烟蚜Myzus persicae线粒体基因组全序列，与蚜科其他昆虫进行了对比分析；以贝叶斯法和最大似然法基于13个蛋白编码基因对蚜科进行了系统发育分析。【结果】烟蚜线粒体基因组（GenBank登录号： KU_236024）序列全长17 832 bp，A+T含量8...
新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区鹅喉羚遗传多样性及系统发育地位
鹅喉羚 遗传多样性 种群遗传结构 系统发育地位
2016/7/18
鹅喉羚是生活于亚欧大陆荒漠、半荒漠地区重要的有蹄类动物。2010年春季，新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区遭遇了60年不遇的雪灾，我们采集了野外救灾发现的130头死亡鹅喉羚肌肉样本，采用PCR和测序技术，研究了鹅喉羚线粒体 DNA 的 Cyt b 基因 1143 bp 核酸序列，发现新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区生存的鹅喉羚单倍型多样性较高(Hd=0.855)，核苷酸多样性较低(π=0.00224)。...
负密度制约和生境过滤是解释森林群落物种共存和生物多样性维持机制的重要假说.已有大量研究表明，负密度制约通过优势物种的种内竞争及近缘种之间的种间竞争、个体间病菌传播等过程为非优势物种及非亲缘种提供生存空间，从而使局域群落的系统发育α多样性随时间的推移而增加;由于生境过滤的作用，特定的生境选择亲缘关系相近的物种，因而随着时间的推移，同一生境内群落间的系统发育β多样性会降低.前人的研究主要集中于利用负密...
群落构建机制一直是群落生态学研究的核心问题. 群落系统发育和功能性状的α 及β 多样性为探讨生态位过程和中性过程在局域群落构建中的相对作用提供了新的视角. 本研究以哀牢山6 hm2 中山湿性常绿阔叶林动态监测样地为研究平台，基于DNA条形码构建的群落系统发育树和树种8 个关键功能性状，结合地形数据，分析不同生活史阶段树种在不同空间尺度的系统发育和功能性状α 及β 多样性. 研究表明：（1） 各生活...