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2023年7月10-15日，生态环境学院基因组与保护生物学综合实践队赴深圳仙湖植物园、国家基因库、华大时空中心、中国农业科学院深圳农业基因组研究所、中国科学院深圳先进技术研究院（深圳理工大学）等单位开展实践教学活动，圆满完成实践课程任务，并为实践实习基地挂牌，为西北工业大学生态环境学院学生实践学习荣誉导师颁发了聘书。
中国科学院海洋所发表小眼绿鳍鱼高质量染色体水平参考基因组（图）
绿鳍鱼 染色体 参考基因
2023/10/30
2023年7月16日，中国科学院海洋研究所在海洋鱼类基因组学研究方面取得新进展，发布了长江口重要洄游性鱼类——小眼绿鳍鱼的高质量染色体水平参考基因组，相关研究成果发表在Nature旗下的数据集期刊Scientific Data （Q1，5-IF = 10.8）。
中国科学院植物研究所张宪春研究组对同型孢子植物石松科石松（Lycopodium clavatum L.）的基因组进行了解析。该研究结合Illumina和PacBio Sequel I测序数据，运用自主开发的去污流程，组装基因组为2.3Gb，重复序列占比85%（其中62%为长末端重复反转录转座子LTR-RTs）。石松基因组的LTR-RTs具有大量的发生和极低的死亡率，而台湾水韭（Isoetes ta...
中国科学院植物所科研人员在石松科石松基因组解析研究中获进展（图）
石松基因 解析 种子植物
2023/8/17
维管植物由种子植物（典型的异型孢子）、蕨类植物（同型孢子为主）和石松类（兼具同型孢子和异型孢子）组成。石松类中异型孢子的水韭科和卷柏科基因组已有报道，而同型孢子的石松科基因组尚未有报道。目前的研究表明，异型孢子植物的基因组显著小于同型孢子植物的基因组，但导致这种差异的原因并不清楚。
昆明植物所完成红马银花高质量单倍型基因组的组装和基因功能注释（图）
红马银花 基因 野生植物 种质资源
2023/8/19
红马银花（Rhododendron vialii Delavay & Franch）是杜鹃属（Rhododendron L.）、马银花亚属（Subgen. Azaleastrum）、马银花组（Sect. Azaleastrum）的常绿灌木。该物种曾经广布于滇中和滇南地区，但由于人类活动对生境的破坏以及作为观赏植物过度采挖等因素，目前许多分布区的居群已完全消失，因而被纳入《云南省极小种群野生植物拯救...
中国科学院生物物理研究所揭示基因组重复序列Alu调控转录新机制（图）
基因组 重复序列 Alu调控 转录
2023/7/13
2023年7月12日，中国科学院生物物理研究所薛愿超团队在《自然》（Nature）上，在线发表了题为Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究论文。
中国科学院生物物理所揭示基因组重复序列Alu调控转录新机制（图）
生物物理 基因 细胞功能
2023/7/16
2023年7月12日，中国科学院生物物理研究所薛愿超团队在《自然》（Nature）上，在线发表了题为Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究论文。转录调控在维持细胞功能和正常发育过程中起着关键作用。其中，增强子（enhancer）作为调控基因转录的重要元件，往往需要通过远距离染色质环化与目标启动子（pr...
微生物单细胞全基因组测序是微生物学研究和生物技术产业的强大工具，但其核心技术瓶颈是如何实现精确到一个细菌细胞的高活性且高覆盖度的基因组DNA扩增。针对这一微生物业界共性技术瓶颈以及试剂行业的“卡脖子”问题，青岛能源所单细胞中心张佳副研究员等通过蛋白质理性设计和过程工程，发明了HotJa Phi29 DNA聚合酶，进而开发了名为iSGA（Improved Single-cell Genome Amp...
自2019年末首次发现新冠病毒（SARS-CoV-2）以来，病毒一直在不断发生突变，形成了包括德尔塔（Delta）和奥密克戎（Omicron）在内的一系列突变株。在这些变异株的基因组中，出现了许多可以影响病毒传播力或免疫逃逸力的功能性突变。2023年7月13日研究发现，病毒S基因上的某些突变的发生与免疫压力相关，但对于新冠病毒进化的整体轨迹以及免疫压力对病毒进化的具体贡献仍不清楚。
放大四千倍细胞解开基因组秘密
斑马鱼 胚胎细胞 在胚胎发育
2023/7/17
基因调控是发生在分子水平上的过程，传统显微镜很难观察到。在最新一期《科学》杂志在线发表的一篇论文中，美国耶鲁大学研究人员开发了一种名为染色质扩张显微镜（ChromExM）的新技术，成功地将斑马鱼胚胎细胞核的物理体积扩大了4000倍，大幅提高了图像分辨率。这项技术让研究人员第一次看到了单个分子在胚胎发育过程中如何塑造细胞中的基因表达，并提出了基因如何调控的新模型。这为研究基因激活和调控提供了有价值的...
MACdb数据库系统建立了癌症-代谢物关联关系的收集标准，通过使用一系列本体体系（Ontology）对癌症类型、特征、代谢物标准化，构建了高一致性的综合知识集合。当前版本的知识库共收录了462篇文献，提取了40,710个癌症-代谢物关联关系对，共涉及到269个癌症特征，涵盖17类高发病率或高死亡率癌症类型，是当前涵盖癌症类型最全的癌症-代谢物关联知识库。MACdb构建了便捷高效的检索和过滤系统，支...
北京基因组所（国家生物信息中心）合作开发基于基因遗传信息预测冠心病患病风险的新模型（图）
基因遗传 信息预测 冠心病
2023/11/21
为实现对个体未来罹患冠心病风险的精准预测，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）汪敏先研究组与美国博德研究所（Broad Institute of MIT and Harvard）Amit V. Khera研究组合作，在利用冠心病单族裔及单疾病遗传关联信息的模型基础上，进一步开发整合不同族裔人群背景及多个冠心病临床危险因素信息的全基因组多基因风险评分新模型——GPSmult。该模型预测的准...
昆明动物所揭示关键功能区域的体细胞突变规避是百岁老人基因组的重要特征（图）
体细胞突变 基因 分析
2023/8/19
年龄增长过程中往往伴随着体细胞突变（Somatic mutation）的逐步积累，其被认为是衰老相关疾病的重要驱动因素。但以百岁老人为代表的长寿人群却在高龄之际仍具有较良好的生存状态，这与极端高龄时突变大量积累进而诱发衰老相关疾病这一推论相矛盾。一种可能的解释是百岁老人具有独特的体细胞突变分布模式，逃避了与人类健康和生存密切相关的基因组区域中的有害突变事件。
兰科石仙桃属植物（Pholidota Lindl. ex Hook.）分布于亚洲热带、亚热带地区，世界约有30种，我国产约15种。该属植物具有重要的经济价值。其中，有些类群为传统中药材，俗称石橄榄。然而，以往由于采样不足、缺乏足够的信息位点及有限的基因组信息，该属和近缘属间的关系和系统地位尚不清楚以及石仙桃属的分类问题尚存在争议。
