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紫花苜蓿（Medicago sativaL.）是全球最重要的牧草作物。在植物界近40万个物种中，紫花苜蓿在单位面积、相同时间内的粗蛋白产量最高，因其品质好、产量高、适口性和消化率高、多年生、固氮能力强等特性，被誉为牧草之王（King of Fodders）。近年来，随着高通量测序技术的发展，紫花苜蓿相关的多组学数据不断积累，整合并储存这些信息对于加快紫花苜蓿的基因功能研究和挖掘紫花苜蓿重要性状的潜...
助力研究脑疾病 中国科研人员建立了海马“数据库”（图）
脑疾病 海马 数据库
2024/2/3
海马脑区(又称：海马)是脑科学研究当中最受关注的脑区之一。在人类大脑中，这个脑区外形酷似海洋生物海马，因而被称为海马脑区。海马神经环路的异常和病变是癫痫、帕金森症、老年痴呆症等脑疾病的重要原因之一。
中国科学院新疆生地所发布耐脱水植物基因组数据库（图）
脱水植物 基因 数据库
2023/12/25
通常情况下极端脱水对植物是致命的，但少数陆地植物在特殊的环境中演化出营养体耐脱水（Vegetative Desiccation Tolerance，VDT）的特性。这一性状在陆地植物中罕见（仅约330种维管植物具有VDT特性），而在苔藓植物中相对普遍。这些耐脱水植物具有“干而不死，遇水复苏”的典型特征，被认为是植物界中的“三体人”。此前，测序技术的进步与普及应用使科学家有机会更深入地研究这类耐脱水...
中国科学院科学家构建涵盖五大植物类群的150+物种参考代谢组及数据库（图）
数据库 基因 相色谱相
2023/11/23
2023年11月11日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心李轩团队在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上，在线发表了题为RefMetaPlant: reference metabolome database for plants across five major phyla的研究成果。该研究阐述了植物“参考代谢组”概念，发展了参考代谢组图谱的组装方法，完成构建了五大植物...
华中农业大学学者开发全基因组内源性G-四链体数据库EndoQuad（图）
基因 营养 代谢 脊椎动物
2023/11/12
2023年10月31日，华中农业大学生命科学技术学院、生物医学与健康学院精准营养与代谢团队陈振夏课题组在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表题为EndoQuad: a comprehensive genome-wide experimentally validated endogenous G-quadruplex database的论文。该论文系统地鉴定了脊椎动物基因...
国家微生物科学数据中心发布流感病毒变异风险评估数据库系统（图）
流感病毒 风险评估 数据库系统 谱系分析
2023/11/20
中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心日前发布“流感病毒变异风险评估系统”（ Influenza virus variation risk evaluation system），简称VarEPS-Influ数据库。该数据库是全球首个对流感病毒基因组已知变异及虚拟变异进行多维度风险评估的系统，集时空追踪、谱系分析、变异鉴定、风险评估于一体，对流感病毒基因组变异进行一站式分析。
中国科学院武汉分院水生所对鱼类转录组相关数据库的开发取得突破（图）
数据库 基因 网络分析
2023/11/7
中国科学院水生生物研究所鱼类功能基因组学学科组收集整理了鱼类RNA-seq相关数据，建立了鱼类的常规转录组数据库FishGET（Fish Transcriptome and Expression Database. http://bioinfo.ihb.ac.cn/fishget）、单细胞转录组数据库FishSCT（Fish Single-Cell Transcriptome Database, ...
2023年10月13日，国际学术期刊Nucleic Acid Research在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心(生物化学与细胞生物学研究所)石建涛研究组与上海交通大学合作的最新研究成果“mHapBrowser: a comprehensive database for visualization and analysis of DNA methylation haplotypes”。这...
2023年10月18日，由中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心开发的“全球病原微生物数据库 （gcPathogen， https://nmdc.cn/gcpathogen/）“在《核酸研究》数据库专刊发表文章gcPathogen: a comprehensive genomic resource of human pathogens for public health （https://d...
北京基因组所（国家生物信息中心）发布热带作物组学数据库TCOD（图）
数据库 资源 基因
2023/11/21
热带作物是热带农业的重要组成部分，具有资源稀缺性、功能多样性和广泛的市场需求，为全球热带农业生产国提供了相当可观的经济收入。测序技术的飞速发展推动了热带作物研究领域里程碑式的发展，积累了海量的多组学数据。然而，大量的数据分散在不同的数据中心或网站，给数据利用带来了不便。因此，亟需开发一个综合数据整合与共享平台，为研究人员提供良好的数据查找和在线分析服务。
庞大基因数据库解开“墨西哥人”复杂历史
基因数据库 墨西哥人 科学
2023/10/19
2000年，墨西哥卫生当局要求4万多名城乡居民献血，作为创建一个具有全国代表性的健康数据库的大规模持续努力的一部分。该调查首次要求人们同意将他们的数据用于未来的基因研究。20多年后的今天，这种努力正在得到回报。
北京基因组所（国家生物信息中心）马利娜副研究员等应邀在国际权威综述期刊Nature Reviews Molecular Cell Biology发表长非编码RNA数据库评述文章
马利娜 非编码RNA数据 蛋白编码
2023/7/6
202年5月23日，中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)马利娜副研究员应Nature Reviews Molecular Cell Biology 邀请，联合章张研究员，发表题为“The contribution of databases towards understanding the universe of long non-coding RNAs”的评述，系统总结了长非编码RNA...
研究发布大豆多维组学数据库SoyOmics（图）
大豆 多维组学 数据库 SoyOmics
2023/4/11
大豆（Glycine max (L.) Merr.）是重要的粮油作物之一，其产量提升、品质改进关乎全球人口的需求和利益。高通量测序技术的发展促使大豆组学研究不断深入。实现大豆多维组学数据的整合分析，将会为大豆遗传育种提供有力支持。
田志喜研究组搭建大豆多维组学数据库（图）
大豆 粮油作物 后基因组学 发育生物学
2023/4/18
大豆（Glycine max (L.) Merr.）是世界范围内重要的粮油作物之一，其产量提升、品质改进关乎全球人口的需求和利益。21世纪后，基因组学的兴起为作物研究带来了全新的驱动力。近10年来，基因组学持续繁荣，大豆的组学研究也发生了极大的跃迁，体现在数据类型的扩展、数据维度的交叉以及数据体量的激增（图1）。因此，后基因组学时代全新的多维组学数据库的开发，将会为大豆遗传育种提供有力支持。
中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心（NGDC）最新开发的基因序列数据库GenBase正式上线，为科研用户提供基因序列数据汇交共享和查询下载服务。