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紫花苜蓿（Medicago sativaL.）是全球最重要的牧草作物。在植物界近40万个物种中，紫花苜蓿在单位面积、相同时间内的粗蛋白产量最高，因其品质好、产量高、适口性和消化率高、多年生、固氮能力强等特性，被誉为牧草之王（King of Fodders）。近年来，随着高通量测序技术的发展，紫花苜蓿相关的多组学数据不断积累，整合并储存这些信息对于加快紫花苜蓿的基因功能研究和挖掘紫花苜蓿重要性状的潜...
助力研究脑疾病 中国科研人员建立了海马“数据库”（图）
脑疾病 海马 数据库
2024/2/3
海马脑区(又称：海马)是脑科学研究当中最受关注的脑区之一。在人类大脑中，这个脑区外形酷似海洋生物海马，因而被称为海马脑区。海马神经环路的异常和病变是癫痫、帕金森症、老年痴呆症等脑疾病的重要原因之一。
2023年12月28日，中国科学院环江喀斯特生态系统观测研究站（“广西环江喀斯特农田生态系统国家野外科学观测研究站”）编著的《农田生态系统卷：广西环江站（2007-2015）》由中国农业出版社出版发行。
中国科学院新疆生地所发布耐脱水植物基因组数据库（图）
脱水植物 基因 数据库
2023/12/25
通常情况下极端脱水对植物是致命的，但少数陆地植物在特殊的环境中演化出营养体耐脱水（Vegetative Desiccation Tolerance，VDT）的特性。这一性状在陆地植物中罕见（仅约330种维管植物具有VDT特性），而在苔藓植物中相对普遍。这些耐脱水植物具有“干而不死，遇水复苏”的典型特征，被认为是植物界中的“三体人”。此前，测序技术的进步与普及应用使科学家有机会更深入地研究这类耐脱水...
中国科学院北京生科院建立细胞外囊泡数据挖掘新技术（图）
细胞 数据 蛋白
2023/12/12
胞外小囊泡是一种源自胞内体的微小囊泡，具有双层脂质膜结构。它们广泛存在于组织微环境中，携带着丰富且多样的内容物（包括蛋白、脂质和RNA等）。有研究表明胞外小囊泡的内容物组成与细胞内的不同，为其在体内发挥重要生物学活性奠定了物质基础。在较多生理病理过程（如免疫细胞抗原呈递和癌细胞的转移）中，胞外小囊泡均发挥关键作用，在细胞间信息交流中充当“信使”的角色。此外，胞外小囊泡的数量、种类和功能均受到来源细...
中国科学院科学家构建涵盖五大植物类群的150+物种参考代谢组及数据库（图）
数据库 基因 相色谱相
2023/11/23
2023年11月11日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心李轩团队在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上，在线发表了题为RefMetaPlant: reference metabolome database for plants across five major phyla的研究成果。该研究阐述了植物“参考代谢组”概念，发展了参考代谢组图谱的组装方法，完成构建了五大植物...
中国科学院植物研究所郭自峰研究组利用六棱大麦测序品种Morex绘制了穗部发育的时空转录组图谱，该图谱覆盖大麦穗部发育的17个阶段，各阶段的小穗从上到下分为5个部位：顶部、中上部、中部、中下部和底部，每个部位设置3个重复，共255个样本。科研人员通过对这些样本的转录组数据分析发现，在5个部位共同表达的基因9228个，根据表达模式分为15个cluster，不同cluster的表达峰值分布在不同的发育时...
中国科学院植物所科研人员利用大麦穗部时空转录组数据揭示穗发育的关键调控因子及网络（图）
数据 调控因子 网络 发育过程
2024/1/16
大麦（Hordeum vulgare L.）是世界第四大谷物，也是最古老的作物之一，属禾本科大麦属。大麦的花序为穗状花序，着生于茎秆顶部，由中央的花序轴和两侧的小穗所组成。大麦穗发育复杂，并且不同位置的小穗发育不均等，中间部位发育较快，两端较慢。在穗发育过程中，单个穗子顶端和底部约30％-50％的小穗/小穗原基会发生退化，导致了潜在籽粒数的极大损失。因此研究大麦穗部的发育过程对于揭示花器官发育的生...
华中农业大学学者开发全基因组内源性G-四链体数据库EndoQuad（图）
基因 营养 代谢 脊椎动物
2023/11/12
2023年10月31日，华中农业大学生命科学技术学院、生物医学与健康学院精准营养与代谢团队陈振夏课题组在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表题为EndoQuad: a comprehensive genome-wide experimentally validated endogenous G-quadruplex database的论文。该论文系统地鉴定了脊椎动物基因...
国家微生物科学数据中心发布流感病毒变异风险评估数据库系统（图）
流感病毒 风险评估 数据库系统 谱系分析
2023/11/20
中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心日前发布“流感病毒变异风险评估系统”（ Influenza virus variation risk evaluation system），简称VarEPS-Influ数据库。该数据库是全球首个对流感病毒基因组已知变异及虚拟变异进行多维度风险评估的系统，集时空追踪、谱系分析、变异鉴定、风险评估于一体，对流感病毒基因组变异进行一站式分析。
中国科学院空天院发布百米尺度多层土壤温湿度空基观测网时序数据集（图）
土壤 湿度 遥感卫星 生态系统
2023/10/27
2023年10月26日，中国科学院空天信息创新研究院遥感卫星应用国家工程研究中心发布2019-2021年百米像元尺度空基土壤温湿度观测网多层土壤温度和土壤湿度数据集。目前，该中心已建设完成覆盖全国7个自然区域的28个野外观测站，形成空基土壤温湿度观测网络，实现统一样方设计、统一采集深度、统一定标方法和统一数据处理方法，获得可监测草原、农田、荒漠、森林等不同生态系统土壤温度和土壤湿度的时序变化数据，...
中国科学院武汉分院水生所对鱼类转录组相关数据库的开发取得突破（图）
数据库 基因 网络分析
2023/11/7
中国科学院水生生物研究所鱼类功能基因组学学科组收集整理了鱼类RNA-seq相关数据，建立了鱼类的常规转录组数据库FishGET（Fish Transcriptome and Expression Database. http://bioinfo.ihb.ac.cn/fishget）、单细胞转录组数据库FishSCT（Fish Single-Cell Transcriptome Database, ...
2023年10月13日，国际学术期刊Nucleic Acid Research在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心(生物化学与细胞生物学研究所)石建涛研究组与上海交通大学合作的最新研究成果“mHapBrowser: a comprehensive database for visualization and analysis of DNA methylation haplotypes”。这...
2023年10月18日，由中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心开发的“全球病原微生物数据库 （gcPathogen， https://nmdc.cn/gcpathogen/）“在《核酸研究》数据库专刊发表文章gcPathogen: a comprehensive genomic resource of human pathogens for public health （https://d...
北京基因组所（国家生物信息中心）发布热带作物组学数据库TCOD（图）
数据库 资源 基因
2023/11/21
热带作物是热带农业的重要组成部分，具有资源稀缺性、功能多样性和广泛的市场需求，为全球热带农业生产国提供了相当可观的经济收入。测序技术的飞速发展推动了热带作物研究领域里程碑式的发展，积累了海量的多组学数据。然而，大量的数据分散在不同的数据中心或网站，给数据利用带来了不便。因此，亟需开发一个综合数据整合与共享平台，为研究人员提供良好的数据查找和在线分析服务。