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自30年前“人类基因组计划”（HGP）启动以来，完整和准确的参考基因组一直是生物医学研究领域致力追求的目标。2022年4月，Science期刊发表了首个人类端粒到端粒（T2T）完整基因组——T2T-CHM13，填补了GRCh38版本中剩余的8%人类基因组序列空白，成为有史以来第一个高质量的单倍体人类基因组。2024年来研究证实人种之间存在显著的基因组序列差异，而参考基因组与待测样本之间的差异会严重...
基因组系统解析工具开发研究取得重要进展（图）
解析工具 非模式 海洋生物
2024/4/16
近日，中国工程院院士、南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）教授包振民团队开发国际首个整合宏观/微观进化基因组和功能基因组的综合分析工具（PanSyn，https://github.com/yhw320/PanSyn）。相关成果发表于《自然-实验手册》。该成果是包振民团队长期积累的丰富基因组学分析方法和工具研发经验的系统总结和提升。
刘嵘明教授以设计与构建可预测的细胞工厂为目标，系统开展了新型CRISPR基因编辑核酸酶的半理性定向进化、可迭代可跟踪高通量CRISPR基因组编辑工程策略开发、高效细胞工厂构建的研究。获得了可应用于不同生物体系的高精度、高效率、低脱靶效应的基因编辑工具酶。开发了高通量基因组编辑策略，对理性或半理性设计的生物元件进行高通量构建、筛选以及基因型-表型的快速表征，构造了系列具有特定功能的细胞工厂。
近日，上海科技大学iHuman研究所、生命科学与技术学院水雯箐课题组在《分子与细胞蛋白质组学》（Molecular & Cellular Proteomics）发表了题为“Acquisition and Analysis of DIA-Based Proteomic Data: A Comprehensive Survey in 2023” 的综述论文，对近二十年数据非依赖型采集（data-ind...
中国科学院微生物所研究团队在有氧发酵条件下的减碳底盘研究中取得新进展（图）
有氧发酵 生物合成 循环
2024/4/21
2024年3月26日，中国科学院微生物研究所陶勇研究团队在Nature Communications发表题为“A citric acid cycle-deficient Escherichia coli as an efficient chassis for aerobic fermentations”的研究论文，增强了对TCA循环在大肠杆菌代谢中作用的理解，表明不完整 TCA 循环大肠杆菌底盘在...
植物是一个复杂的生物系统，其体内基因的表达受到多种水平的调控，包括转录水平、转录后水平、DNA甲基化/去甲基化等，进而对基因表达进行精密高效的调控。中国科学院遗传与发育生物学研究所张劲松研究组通过筛选OsEIN2过表达材料的抑制子，鉴定到一个包含RNA识别结构域(RRM)的蛋白SOE (SUPPRESSOR OF OsEIN2)；SOE可与剪接复合体组分互作，并结合到DNA去甲基化酶基因DNG70...
上海药物所发展时空可分辨的“蛋白质修饰调控酶—底物”全局性解析新方法.（图）
蛋白质 酶 解析
2024/4/14
2024年3月25日，中国科学院上海药物研究所陈小华课题组与谭敏佳课题组合作，在Nature Communications期刊发表题为“Spatiotemporal and direct capturing global substrates of lysine-modifying enzymes in living cells”的研究论文。在该项研究中，科研团队利用前期开发的PANAC光点击化学...
研究人员开发新方法发现新结构型非编码RNA及其调控功能（图）
非编码RNA 骨骼肌 三代单分子测序
2024/4/16
人类基因组是由约30 亿个字符组成的遗传“密码本”，决定细胞和个体发育的命运。具有“暗物质”之称的非编码序列约占该“密码本”的98%，其中约80%能够转录成为“暗物质”核糖核酸（RNA）。这些“暗物质”RNA大多数都是不具有帽子结构的RNA（noncapped RNA，napRNA），它们绝大多数是在基因表达调控中扮演了重要角色的各种非编码RNA (ncRNA)。然而，目前的研究主要集中于具有帽子...
东北地理所在大豆氨基酸转运蛋白基因家族分析取得进展（图）
大豆氨基酸 蛋白 基因 分析
2024/4/28
大豆（Glycine max (L.) Merr.）是一种重要的经济和油料作物，全球约30%的食用油和69%的膳食蛋白质来自大豆。大豆蛋白质因富含人类必需的8种必需氨基酸，被誉为“最理想的蛋白来源之一”，较动物蛋白具有低热量、不含胆固醇、无激素和抗生素超标风险等优点。在我国，豆油在占植物油食用消费的50%左右，豆粕在饲料蛋白中的占比达80%。我国过度依赖国外大豆进口（约85%）主要是由于用于动物的...
2024年3月22日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心巫永睿研究团队与上海师范大学王文琴研究团队合作在Nature Communications上发表了题为 “An ARF gene mutation creates flint kernel architecture in dent maize”的研究论文。他们经过8年的不懈努力，首次克隆到了将马齿玉米改良成硬粒型籽粒的关键基因Fka1（ARF...
中国科学技术大学化学与材料科学学院、合肥微尺度物质科学国家研究中心梁好均（已故）教授课题组的姚东宝特任副研究员等人模仿自然界中分子的复制和组装过程，利用可编程DNA催组装网络调控纳米粒子组装路径，构建了一种可实现纳米粒子自复制与超晶格精准构筑的自复制系统。相关成果以“Programming of Supercrystals Using Replicable DNA-Functionalized C...
华中农业大学学者在选择性自噬调控十字花科植物自交不亲和反应方面取得进展（图）
选择性 自噬调控 十字花科植物 自交不亲和
2024/3/21
近日，华中农业大学果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室、湖北洪山实验室王鹏蔚教授课题组在选择性自噬调控十字花科植物自交不亲和反应方面取得进展，在Cell Reports 上发表题为“Exo84c-regulated degradation is involved in the normal self-incompatible response in Brassicaceae”的研究论文。
中国科学院昆明植物所揭示竹类植物生活史转变和物种多样化遗传机制（图）
遗传机制 演化 基因
2024/3/26
多倍化或称基因组加倍是植物演化史上的永恒主题，广泛发生于被子植物（有花植物）的各个演化阶段，特别是在与重要地史和气候事件相关的演化节点上，并伴随着整个被子植物和诸多大科大属的兴起。然而，在亚基因组水平上，关于多倍化如何促进植物适应性演化以及物种多样性形成的认识仍然不足。现有研究集中在新近（五百万年内）多倍化且未发生大规模物种分化的作物及其野生近缘种（如小麦、花生和棉花），或因多倍化时间久远而丧失亚...
西湖大学在次要剪接体领域再获突破（图）
西湖大学 RNA剪接 生物学
2024/3/18
2024年3月15日，《科学》以“完全组装的次要剪接体与U12型内含子结合的结构基础”为题，在线发表了剪接体结构与机理研究的一项重大突破，这一研究成果来自西湖大学特聘研究员万蕊雪团队和结构生物学讲席教授施一公团队，第一作者是西湖大学副研究员白蕊。
科学家在人肝脏中测试基因疗法
测试基因疗法 基因疗法 肝脏模型
2024/3/18
《自然·通讯》杂志2024年3月14日发表了一项研究，来自澳大利亚西梅德儿童医学研究所（CMRI）的研究团队在整个人类肝脏中测试了一种基因疗法，目的是为危及生命的遗传病开发更有效的治疗方法。